dc.contributor.advisor | Kocaefe, Çetin | |
dc.contributor.author | Özdemir Saka, Cansu | |
dc.date.accessioned | 2018-07-05T06:07:08Z | |
dc.date.available | 2018-07-05T06:07:08Z | |
dc.date.issued | 2017 | |
dc.date.submitted | 2017-12-25 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/4582 | |
dc.description.abstract | The characteristics of the skeletal
muscle degeneration are muscle fiber atrophy and fibrosis. The genetic and cellular
therapeutic approaches for skeletal muscle treatment remain incapable due to the
fibrosis. Studies concerning the cellular development of fibrosis demonstrated that
“Fibro/Adipogenic progenitors (FAP)” ((CD45(-), CD31(-), CD11b(-), Sca1(+),
CD140a(+)), are the primary stromal cell population that causes fibrosis and their
activation is related to inflammation. However, the effect of FAP cells on the fibrosis
development in chronic muscle degeneration is still unknown in the absence of
inflammation. In this thesis, changes of stromal cell populations including
CD140a(+)/Sca1(-), CD140a(+)/Sca1(+), and CD140a(-)/Sca1(+) was examined in
experimental acute muscle injury, tenotomy, and denervation models. In addition,
the correlation between cell activation and inflammation was investigated. Our
results showed that CD140a(+)/Sca1(+) cells drastically increased and Sca1(+)/
CD140a(-) cell population was limited cellular activation in the presence of acute
muscle injury. Only CD140a(-)/Sca1(+) cell population was activated in tenotomy
while CD140a(+)/Sca1(+) cells was activated in denervation. In all three
experimental models, there were no significant quantitative differences in terms of
CD140a(+)/Sca1(-) cell population. This thesis study proved that the activation of
stromal cells in chronic degeneration model occurs inflammation-independent and
the CD140a(-)/Sca1(+) cell population which is active in tenotomy and acute muscle
injury is different from CD140a(+)/Sca1(+) stromal cell population. In addition, these
cells have been shown to contribute fibrosis development as a result of RNA
sequencing analysis. | tr_TR |
dc.description.sponsorship | TÜBİTAK SBAG 115S849 | tr_TR |
dc.description.tableofcontents | ONAY SAYFASI iii
YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv
ETİK BEYAN v
TEŞEKKÜR vi
ÖZET vii
ABSTRACT viii
İÇİNDEKİLER ix
SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ xiii
ŞEKİLLER DİZİNİ xv
TABLOLAR DİZİNİ xvii
1. GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 3
2.1. İskelet Kas Dokusunun Genel Özellikleri 3
2.2. İskelet Kas Dokusunun İdamesi ve Rejenerasyonu 4
2.2.1. Akut Kas Hasarı ve Rejenerasyon Sürecinde İnflamatuar Hücrelerin Etkisi
5
2.2.2. Kronik Kas Dejenerasyonu ve İnflamatuar Hücrelerin Etkisi 7
2.3. Kas Dokusunun Hücresel Bileşenleri 8
2.3.1. Miyojenik Farklılaşma Özelliği Bulunan Kök/Projenitör Hücreler 8
2.3.2. Miyojenik Farklılaşma Özelliği Bulunmayan Kök/Projenitör
Hücreler
10
2.4. Fibrozisin Hücresel ve Moleküler Gelişim Mekanizması 15
2.5. İskelet Kası Çalışmalarında Kullanılan Deneysel HayvanModelleri 17
2.5.1. Genetik Modeller 17
2.5.2. Akut Hasar Modeli 18
2.5.3. Hareketsizleştirme Modelleri 18
x
3. GEREÇ ve YÖNTEM 20
3.1. GEREÇ 20
3.1.1. Cerrahi Malzemeler 20
3.1.2. Akut Kas Hasar Modeli 20
3.1.3. Akut ve Kronik Hasar Sürecinde Hücre Aktivasyon Analizi 20
3.1.4. Doku Bloklama 20
3.1.5. Histolojik Analiz 20
3.1.6. İmmunfloresan Boyama 20
3.1.7. Tek Çekirdekli Hücre İzolasyonu 21
3.1.8. Yüzey Belirteç Boyaması 21
3.1.9. BrdU Boyaması 21
3.1.10. Stromal Hücre Kültürü 22
3.1.11. Adipojenik Farklılaşma Ortamı 22
3.1.12. Miyojenik Farklılaşma Ortamı 22
3.1.13. RNA İzolasyonu 22
3.1.14. cDNA Kütüphanesi Oluşturma 23
3.1.15. Yüksek Ölçekli RNA Dizileme 23
3.2. YÖNTEMLER 24
3.2.1. Akut Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 24
3.2.2. Kronik Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 24
3.2.2.1. Tenotomi Modelinin Oluşturulması 25
3.2.2.2. Denervasyon Modelinin Oluşturulması 25
3.2.3. Dokudan Mononükleer Hücre İzolasyonu 26
3.2.4. Hücre Yüzey Belirteç İşaretlemesi 27
3.2.5. Akut ve Kronik Hasar Sürecinde Aktive Olan Hücre Populasyonlarının Saptanması Amacı ile BrDU boyaması
28
3.2.6. Stromal Hücre Kültürü 29
3.2.7. Adipojenik Farklılaşma Ortamı 29
3.2.8. Miyojenik Farklılaşma Ortamı 30
3.2.9. RNA İzolasyonu 30
xi
3.2.10. İmmunfloresan Boyama 31
3.2.11. Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Çalışması 32
3.2.12. Verilerin Değerlendirilmesi ve Analizi 36
4 BULGULAR 37
4.1 Akut Kas Dejenerasyonunun Oluşturulması ve Hasar Sonrası Tamir Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi.
37
4.1.1. Akut Kas Dejenerasyon Modelinin Oluşturulması 37
4.1.2. Hasar Sonrası Tamir Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi
38
4.2. Tenotomi Modelinin Oluşturulması ve Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi
42
4.2.1. Tenotomi Modelinin Oluşturulması 42
4.2.2. Tenotomi Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi
44
4.2.3. Tenotomi sürecinde inflamatuar hücre populasyon değişiminin incelenmesi.
48
4.3 Denervasyon Modelinin Oluşturulması ve Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi
50
4.3.1 Denervasyon Modelinin Oluşturulması 50
4.3.2 Dejenerasyon Sürecinde Stromal Hücre Populasyon Değişiminin İncelenmesi
51
4.3.3 Denervasyon sürecinde inflamatuar hücre populasyon değişiminin incelenmesi
55
4.4 Stromal Hücre İzolasyonu, Kültürü ve Karakterizasyonu 56
4.4.1 Stromal Hücre İzolasyonu 56
4.4.2 Stromal Hücre Kültürü ve Karakterizasyonu 57
4.4.3 Dejenerasyon Sürecinde Aktive Olan CD140a(-)/Sca1(+) Hücre Populasyonunun Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Analizi ile İncelenmesi
59
4.4.4 Tenotomi Sürecinde Total Kas Dokusunda Değişim Gösteren Gen İfade Değişimiyle Dejenerasyon Sürecinde Aktive Olan CD140a(-) /Sca1(+) Hücre Populasyonunun Yüksek Ölçekli RNA Dizileme Analizinin Karşılaştırılması
66
5 TARTIŞMA 68
xii
5.1 Akut Hasar Sürecinde İnflamasyon ile İlişkili Değişen Stromal Hücre Populasyonu
70
5.2 Tenotomi Sürecinde Değişen Stromal Hücre Populasyonu ve İnflamasyon İlişkisi
72
5.3 Denervasyon Sürecinde Değişen Stromal Hücre Populasyonu ve İnflamasyon İlişkisi.
73
5.4 CD140a(-)Sca1(+) Hücre Populasyonunun İzolasyonu ve Karakterizasyonu
75
5.5 CD140a(-)Sca1(+) Hücre Populasyonunun Aktivasyon Mekanizmasının İncelenmesi
76
6 SONUÇ ve ÖNERİLER 78
6.1 Sonuçlar 78
6.2 Öneriler 79
7 KAYNAKLAR 80
8 EKLER 84
EK-1: Yüksek Ölçekli RNA Dizi Analizi Kalite Kontrol Parametreleri
EK-2: Tez Çalışması ile İlgili Etik Kurul İzinleri
9 ÖZGEÇMİŞ | tr_TR |
dc.language.iso | tur | tr_TR |
dc.publisher | Sağlık Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
dc.subject | İskelet Kası Dejenerasyonu | tr_TR |
dc.subject | Fibrozis | |
dc.subject | Fibroadipojenik Projenitör | |
dc.title | İskelet Kası Dejenerasyonu Sürecinde Stromal Hücre Alt Gruplarının İncelenmesi | tr_TR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | tr_TR |
dc.description.ozet | İskelet kası dejenerasyon
patolojisinin karakteristik bulguları kas lifi atrofisi ve fibrozis gelişimidir. Kas
hastalıklarının tedavisine yönelik geliştirilen genetik ve hücresel tedavi yaklaşımları
fibrozis nedeniyle yetersiz kalmıştır. Fibrozisin hücresel gelişim mekanizmalarının
yönelik gerçekleştirilen çalışmalarda, “Fibro/Adipojenik projenitörler (FAP)” (CD45(
), CD31(-), CD11b(-), Sca1(+), CD140a(+)) olarak isimlendirilen stromal hücre
populasyonunun, dokuda fibrozis gelişimini sağlayan ana hücre grubu olduğu ve
aktivasyonunun inflamasyon ile ilişkili olduğu tanımlanmıştır. Ancak FAP
hücrelerinin inflamasyondan bağımsız dejenerasyon patolojilerinde fibrozis gelişim
mekanizmasına olan etkisi bilinmemektedir. Bu tez çalışması kapsamında,
gerçekleştirilen akut kas hasarı, tenotomi ve denervasyon modellerinde stromal
hücre değişim profillemesi CD140a(+)/Sca1(-), CD140a(+)/Sca1(+), CD140a(
)/Sca1(+) yüzey belirteçleri yönünden gerçekleştirilmiş olup, hücresel
aktivasyonların inflamasyon ile olan ilişkisi araştırılmıştır. Tez çalışması sonucunda
inflamatuar ve endotel hücre grubunun dışında kalan hücre populasyonu içinde,
akut kas hasarında CD140a(+)/Sca1(+) hücre grubu dramatik bir artış göstermiş
olup, Sca1(+)/CD140a(-) hücre populasyonunda sınırlı bir hücresel aktivasyon
meydana gelmiştir. Tenotomi modelinde sadece CD140a(-)/Sca1(+) hücre
populasyonu, denervasyon modelinde ise CD140a(+)/Sca1(+) hücre populasyonu
aktive olmuştur. CD140a(+)/Sca1(-) hücre populasyonunda her üç modelde herhangi
bir oransal değişim meydana gelmemiştir. Tez çalışması sonucunda, kronik
dejenerasyon modellerinde meydana gelen stromal hücre aktivasyonunun
inflamasyondan bağımsız olarak meydana geldiği, tenotomi ve akut hasar
modellerinde aktivasyon gösteren CD140a(-)/Sca1(+) hücre topluluğunun,
CD140a(+)/Sca1(+) hücre populasyonunundan farklı bir stromal hücre grubu olduğu
ve yüksek ölçekli RNA dizileme analizi sonucunda, fibrozis gelişimini sağladığı
gösterilmiştir. | tr_TR |
dc.contributor.department | Kök Hücre | tr_TR |
dc.contributor.authorID | 10174851 | tr_TR |