dc.contributor.advisor | ESER, Özgen | |
dc.contributor.author | ALTINOK, Özge | |
dc.date.accessioned | 2018-06-18T11:13:52Z | |
dc.date.available | 2018-06-18T11:13:52Z | |
dc.date.issued | 2018 | |
dc.date.submitted | 2018-05-17 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/4549 | |
dc.description.abstract | Multidrug resistant Acinetobacter baumannii isolates lead to epidemics and loss of patients in the hospital setting. In addition to diverse resistance mechanisms, some A. baumannii strains have biofilm producing capacity, therefore further decreasing antibiotic effectiveness. The aim of this study was to determine the relationship between multidrug resistance and existence of biofilm and virulence genes among 156 invasive multi-drug resistant Acinetobacter baumannii isolates from 10 medical centers in different geographical regions of Turkey. Isolates with known antibiotic susceptibilities and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) patterns were included in the study. Quantitative microplate biofilm method was used to detect biofilm production. The presence of virulence genes csgA, csuE, fimH, ompA and blaper-1 was investigated by polymerase chain reaction (PCR). Among all isolates, 60.25% (94/156) showed biofilm formation ability. Of the 94 isolates, 17 were weakly, 33 were moderately and 44 were strongly positive. The frequency of genes csgA, csuE, ompA and fimH among the isolated strains (n:156) were 70.51%, 32.05%, 21.79%, 7.05%, respectively. The frequency of virulence genes among biofilm producing isolates were csgA, csuE, ompA and fimH were 41.48%, 20.2%, 24.46% and 5.31%. As a conclusion, this study showed that there is a strong relationship between multidrug resistance and biofilm formation in MDR invasive A. baumannii isolates. As a sign of relationship between biofilm formation and different virulence genes, biofilm producing MDR invasive A. baumannii isolates were found positive for virulence genes but these genes do not seem to be necessary for biofilm formation in MDR invasive isolates of A. baumannii. More detailed studies were needed to verify the exact association of virulence genes with biofilm formation. | en |
dc.description.tableofcontents | ONAY SAYFASI
YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI
ETİK BEYAN SAYFASI
TEŞEKKÜR
ÖZET
ABSTRACT
İÇİNDEKİLER
SİMGELER ve KISALTMALAR
ŞEKİLLER
TABLOLAR
1.GİRİŞ
2.GENEL BİLGİLER
2.1 Acinetobacter Cinsinin Tarihi
2.2 Acinetobacter Cinsinin Sınıflandırılması
2.2.1 Acinetobacter Cinsi
2.2.2 Acinetobacter Türlerinin Tanımlanması
2.3 Acinetobacter Doğal Habitat
2.4 Acinetobacter baumannii Enfeksiyonlarının Kliniği
2.4.1 Hastane Enfeksiyonlarında Acinetobacter baumannii
2.4.2 Kanser İlişkili Enfeksiyonlar
2.4.3 Toplum Kaynaklı Enfeksiyonlar
2.4.4 Acinetobacter baumannii Enfeksiyonlarının Gelişmesi için Kolaylaştırıcı Faktörler
2.5 Patogenez ve Virülans Faktörleri
2.6 Virülans Faktörleri
2.6.1. Hücre yüzey Hidrofobisitesi ve Enzimleri
2.6.2 Toksik Slime Polisakkaritler
2.6.3 Verotoksin
2.6.4 Sideroforlar
2.6.5 Dış Membran proteinleri (OMPs)
2.6.6 Biyofilm
2.7 Konak-Patojen ilişkileri
2.7.1 İmmün Yanıt
2.8 Antibiyotik Direnç Mekanizmaları
2.8.1. Beta-laktam Antibiyotikler
2.8.2. Aminoglikozidler
2.8.3. Florokinolonlar
2.8.4. Tetrasiklinler
2.8.5. Polimiksinler
2.9 Acinetobacter baumannii’nin Dünyadaki Yayılımı
2.9.1. Avrupa
2.9.2. Kuzey Amerika
2.9.3. Latin Amerika
2.10 Acinetobacter baumannii Enfeksiyonunun Klinik Etkisi
2.11 Acinetobacter baumannii Enfeksiyonlarında Tedavi Seçenekleri
2.11.1 Polimiksinler
2.11.2 Tigesiklin
2.11.3 Sulbaktam
2.11.4 Rifampin
2.11.5 Fosfomisin
2.11.6 Kombine Tedaviler
2.12 Acinetobacter baumannii ile Kolonizasyon ve Enfeksiyonun Önlenmesi
3. GEREÇ ve YÖNTEM
3.1 Bakteri İzolatları
3.2 İzolatların Tanımlanması
3.3 Biyofilm Oluşumunun Kantitatif Olarak Belirlenmesi
3.3.1 Kullanılan Malzemeler
3.3.2 Yöntemin Uygulanması
3.3.3 Sonuçların Ölçülmesi
3.4. Virülans Genlerinin Belirlenmesi
3.4.1 DNA İzolasyonu
3.4.2 Polimeraz Zincir Reaksiyonu
3.4.3 Agaroz Jel Elektroforezi
4. BULGULAR
4.1 Biyofilm Sonuçlarının Değerlendirilmesi
4.2 Virülans Genlerinin Değerlendirilmesi
4.2.1 ompA Geninin Değerlendirilmesi
4.2.2 csuE Geninin Değerlendirilmesi
4.2.3 csgA Geninin Değerlendirilmesi
4.2.4 fimH Geninin Değerlendirilmesi
5. TARTIŞMA
6. SONUÇ ve ÖNERİLER
7. KAYNAKLAR
8. EKLER
EK-1: Tez Çalışması ile İlgili Bildiriler ve Yayınlar
9. ÖZGEÇMİŞ | tr_TR |
dc.language.iso | tur | tr_TR |
dc.publisher | Sağlık Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess | tr_TR |
dc.subject | Acinetobacter baumannii | tr_TR |
dc.subject | biyofilm | |
dc.subject | virülans genleri | |
dc.subject | polimeraz zincir reaksiyonu | |
dc.subject | antimikrobiyal direnç | |
dc.title | Çok İlaca Dirençli İnvaziv Acinetobacter Baumannii İzolatlarında Biyofilm Yapımının Değerlendirilmesi | tr_TR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | tr_TR |
dc.description.ozet | Çok ilaca dirençli Acinetobacter baumannii, hastane ortamında epidemilere ve ölümlere neden olan bir patojendir. Birçok farklı direnç mekanizmasının yanı sıra, bazı A. baumannii izolatları biyofilm oluşturma kapasitelerine sahip olup antibiyotikleri etkisiz hale getirmektedir. Bu çalışmada, Türkiye’nin farklı coğrafik bölgesinde yer alan toplam 10 merkezden elde edilen çok ilaca dirençli 156 adet A. baumannii kan izolatında, kantitatif olarak biyofilm varlığının ve virülans genlerinin gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, antibiyotik duyarlılıkları ve ‘pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)’ paternleri bilinen izolatlar çalışmaya dahil edilmiştir. Biyofilm yapımı, kantitatif mikroplak biyofilm yöntemi ile belirlenmiştir. Virülans genlerinin varlığı csgA, csuE, fimH, ompA varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır. Tüm izolatların %60.25 (94/156)’inin biyofilm oluşturduğu saptanmıştır. Bu 94 izolatın 17 tanesi zayıf, 33 tanesi orta ve 44 tanesi kuvvetli biyofilm oluşturma yeteneğinde bulunmuştur. Çalışmaya dahil edilen izolatlar arasında (n=156) csgA, csuE, fimH ve ompA genleri sırasıyla %71,15, %32,05, %7,05, %22,0’sinde saptanmıştır. Biyofilm yapımı gösteren izolatlar arasında csgA, csuE, ompA ve fimH virülans genlerinin sıklığı ise sırasıyla, %41.48, %20.2, %24.46 ve %5.31 olarak tespit edilmiştir. Bu çalışma, çok ilaca dirençli invaziv A. baumannii izolatlarında biyofilm oluşumu ile çok ilaca direnç arasında güçlü bir ilişki olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada çok ilaca dirençli invaziv A. baumannii izolatlarında biyofilm yapımı gösteren izolatlarda virülans gen varlığının saptanması, bu izolatlarda virülans ile biyofilm yapımının ilişkili olabileceğini ancak bunların biyofilm yapımı için gerekli olmadığını göstermiştir. Virülans genlerinin biyofilm yapımıyla ilişkisinin kanıtlanabilmesi için daha ayrıntılı çalışmalara gereksinim bulunmaktadır. | tr_TR |
dc.contributor.department | Mikrobiyoloji | tr_TR |