dc.contributor.advisor | Koca, Aslı | |
dc.contributor.author | Şen, Nilay | |
dc.date.accessioned | 2023-06-05T13:21:38Z | |
dc.date.issued | 2023 | |
dc.date.submitted | 2023-01-16 | |
dc.identifier.citation | Şen, N., Türkiye'deki Cichorium L. (Asteraceae) Türlerinin Sistematiği, Yüksek Lisans Tezi, Hacettepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Ankara, 2023. | tr_TR |
dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/11655/33296 | |
dc.description.abstract | The genus Cichorium L. (Asteraceae) is distributed worldwide with seven species. Of
these, C. intybus L., C. spinosum L., C. pumilum Jacq., C. glandulosum Boiss. & A.Huet
species naturally grow in our country. On the other hand, it is recorded that C. endivia L.
is cultivated in Istanbul. In some studies, in the literature, while the DNA sequence of
ITS 1, 5.8S rRNA, ITS 2 ve trnL-trnF markers which belong to Cichorium species has
been studied with more than one population, the DNA sequence of psbA-trnH, ndhF,
rbcL, matK marker has been studied with 1-3 populations. However, according to
calculated evolutionary trees, it is observed that the species don't generate monophyletic
clades. In this study, DNA sequences of trnL, trnL-trnF, psbA-trnH, rpl32, rpl16, matK,
ndhF, rpoC1, rbcL, rps16, trnK, trnQ markers in the chloroplast along with the ribosomal
ITS 1, 5.8S rRNA ve ITS2 intergenic region of Cichorium species naturally distributed
in Türkiye were studied. With this multilocular dataset obtained, evolutionary trees were
calculated in both the ‘maximum likelihood’ and the ‘Bayesian’ approaches, and as a
result, it revealed the evolutionary relationships of the species. Furthermore, detailed
macro and micro-morphological studies of these species were made. The phylogenetic
positions and morphological characteristics of the species were discussed comparatively.
It has been revealed that the genus Cichorium is monophyletic. It also has been revealed
that C. intybus and C. spinosum species are closely related to each other and C. pumilum
and C. endivia species are closely related to each other. Trees with dissimilar topologies
were obtained in phylogenetic analyzes with ITS and combined chloroplast datasets. This
has been interpreted as the two organelles having different evolutionary stories. C.
glandulosum was studied molecularly for the first time. Its phylogenetic placement in the
genus was revealed for the first time. It is phylogenetically supported in terms of both
ribosomal and chloroplast datasets that C. glandulosum, which is given as a synonym of
C. pumilum in many sources of literature, is an accepted species. It has been revealed that
C. glandulosum is an endemic species to our country. In the literature review, it was seen
that lectotype treatment of C. glandulosum was not done and the sample of Kotschy,
which was collected from Diyarbakır, was determined as lectotype. It is seen that the
polytomic topology and ITS datasets in these analyzes were not very successful in
distinguishing between C. intybus-C. spinosum and C. pumilum-C. endivia complexes,
while chloroplast datasets could not separate the C. intybus-C. spinosum complex from
each other, but were successful in distinguishing the C. pumilum-C. endivia complex from
each other. | tr_TR |
dc.language.iso | tur | tr_TR |
dc.publisher | Fen Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
dc.subject | Bayes | tr_TR |
dc.subject | Filogeni | |
dc.subject | Hindiba | |
dc.subject | Lektotipifikasyon | |
dc.subject | Maximum likelihood | |
dc.subject | Fenetik | |
dc.subject | Multilokular | |
dc.subject | Cichorieae | |
dc.subject.lcsh | Tabiat bilgisi. Biyoloji | tr_TR |
dc.subject.lcsh | Botanik | tr_TR |
dc.title | Türkiye’deki Cıchorıum L. (Asteraceae) Türlerinin Sistematiği | tr_TR |
dc.title.alternative | Systematics of Cichorium L. (Asteraceae) Species Distributed in Türkiye | tr_TR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | tr_TR |
dc.description.ozet | Cichorium L. (Asteraceae) cinsi, dünyada yedi türle yayılış göstermektedir. Bunlardan C.
intybus L., C. spinosum L., C. pumilum Jacq., C. glandulosum Boiss. & A.Huet türleri
ülkemizde doğal olarak yetişmektedir. C. endivia L. ise İstanbul’dan yetiştirme olarak
kaydedilmiştir. Literatürdeki bazı araştırmalarda Cichorium türlerine ait ITS 1, 5.8S
rRNA, ITS 2 ve trnL-trnF markırlarının DNA dizisi birçok popülasyon ile, psbA-trnH,
ndhF, rbcL, matK markırlarının DNA dizileri ise 1-3 popülasyon ile çalışılmış ancak
hesaplanan soyağaçlarında türlere ait popülasyonların monofiletik soylarda yer almadığı
görülmüştür. Bu araştırmada, Türkiye’de doğal yayılış gösteren Cichorium türlerinin,
ribozomal ITS 1, 5.8S rRNA ve ITS2 genler arası bölge ile birlikte kloroplasttaki trnL,
trnL-trnF, psbA-trnH, rpl32, rpl16, matK, ndhF, rpoC1, rbcL, rps16, trnK, trnQ
markırlarının DNA dizileri elde edilmiştir. Elde edilen bu multilokular veri seti ile hem
‘maximum olasılık’ ve hem de ‘Bayesian’ yaklaşımlarla hesaplanan soyağaçları
sonucunda türlerin evrimsel akrabalıkları ortaya koyulmuştur. Ayrıca, bu türlerin ayrıntılı
makro ve mikro-morfolojik incelemeleri yapılmıştır. Türlerin filogenetik pozisyonları ile
morfolojik özellikleri karşılaştırmalı olarak tartışılmıştır. Elde edilen morfolojik veri
fenetik olarak da analiz edilerek temel koordinatlar grafiği verilmiştir. Cichorium cinsinin
monofiletik olduğu ortaya konmuştur. C. intybus ile C. spinosum türlerinin ve C. pumilum
ile C. endivia türlerinin yakın akraba olduğu ortaya çıkmıştır. ITS ve birleştirilmiş
kloroplast veri setleri ile yapılan filogenetik analizlerde benzemeyen topolojilere sahip
ağaçlar elde edilmiştir. Bu durum iki organelin farklı evrimsel hikayelere sahip olduğu
şeklinde yorumlanmıştır. C. glandulosum moleküler olarak ilk defa çalışılmıştır. Cins
içindeki yeri ilk defa ortaya konmuştur. Literatürde birçok kaynakta C. pumilum’un
sinonimi olarak kabul edilen C. glandulosum’un gerçek bir tür olduğu hem ribozomal
hem de kloroplast veri seti bakımından filogenetik olarak desteklenmektedir. C.
glandulosum’un ülkemize endemik bir tür olduğu ortaya çıkmıştır. Literatür taramasında
lektotipifikasyonunun yapılmadığı görülmüş ve Kotschy’nin Diyarbakır toplaması olan
örneği lektotip olarak belirlenmiştir. Bu analizlerdeki politomik topoloji ile ITS veri
setlerinin C. intybus-C. spinosum ile C. pumilum-C. endivia komplekslerini birbirinden
ayırmada çok başarılı olmadığı, kloroplast veri setlerinin ise C. intybus-C. spinosum
kompleksini birbirinden ayıramazken C. pumilum-C. endivia kompleksini birbirinden
ayırmada başarılı olduğu görülmektedir. | tr_TR |
dc.contributor.department | Biyoloji | tr_TR |
dc.embargo.lift | 2025-06-06T13:21:38Z | |
dc.funding | Yok | tr_TR |