dc.contributor.advisor | Puralı, Nuhan | |
dc.contributor.author | Coşkun Jihad, Nazlı | |
dc.date.accessioned | 2022-01-14T13:24:50Z | |
dc.date.issued | 2022 | |
dc.date.submitted | 2022-01-03 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/25762 | |
dc.description.abstract | Cytoplasmic Ca2+ concentration plays an essential role in many types of cellular function including electro-mechanical coupling in striated muscle fibers. Ryanodine receptor channels (RyR), mediating Ca2+ release from sarcoplasmic reticulum (SR), has a homotetrameric structure. It is the largest ion channel with a size of 2.2 MDa. Vertebrate and invertebrate RyR channels are structurally and functionally similar. Although Astacus leptodactylus, narrow-clawed crayfish, is a widely used model animal in neuroscience, information about genetic properties of the animal is rather limited. The present study is focused onto de novo cloning of the mRNA of the crayfish RyR channel which encodes the largest ion channel. A hybrid cloning method has been used, referring to the homology between RyR mRNA molecules and the computational assembly of the next generation sequencing data. A mRNA molecule of 15236 bp in size has originally been cloned. The putative RyR protein, with 5042 amino acids, has a significant similarity to the sequences reported in other species. Furthermore, the putative sequence possessed many of the conserved domains specific to the RyR channel. Thus, it has been proposed that a mRNA coding RyR channel has originally been cloned in the present study. The 3D protein structure can also be determined by the help of this revealed genetic information, or future mutation studies can be designed. | tr_TR |
dc.language.iso | en | tr_TR |
dc.publisher | Sağlık Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
dc.subject | Ryanodin reseptörü | tr_TR |
dc.title | CLONING OF Astacus leptodactylus RYANODINE RECEPTOR GENE | tr_TR |
dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | tr_TR |
dc.description.ozet | Sitoplazmik Ca2+ konsantrasyonu, çizgili kas liflerinde elektro-mekanik bağlantı gibi birçok hücresel fonksiyonda önemli bir rol oynamaktadır. Ryanodin reseptörü (RyR), sarkoplasmik retikulumdan (SR) Ca2+ salınımına aracılık eden, 4 eş alt birimli yapıya sahiptir. 2.2MDa büyüklüğüyle en büyük iyon kanalıdır. Omurgalı ve omurgasız RyR kanalları yapısal ve fonksiyonel olarak benzerdir. Astacus leptodactylus, dar pençeli kerevit, nörobilim gibi birçok çalışmada kullanılan yaygın bir model hayvan olmasına karşın genetik bilgileri oldukça kısıtlıdır. Bu çalışma, en büyük kanalı kodlayan kerevitRyR mRNA molekülünün de novo klonlaması üzerine odaklanmaktadır. RyR mRNA molekülleri arasındaki homoloji ve yeni nesil sekanslama verisinin hesaplamalı birleştirilmesiyle ifade edilen hibrid klonlama metodu kullanılmıştır. 15236 bp uzunluğunda mRNA molekülü klonlandı. 5042 amino asitlik varsayılan RyR proteini, diğer türlerden elde edilen sekanslarla önemli bir benzerliğe sahiptir. Ayrıca, varsayılan RyR sekansı, RyR kanalına spesifik birçok korunmuş alanlara sahiptir. Böylece, bu çalışmada, RyR kanalını kodlayan mRNA molekülünün özgün biçimde klonlandığı ileri sürülmektedir. Ortaya çıkarılan bu genetik bilginin yardımıyla üç boyutlu protein yapısı da belirlenebilir ya da ilerideki mutasyon çalışmaları tasarlanabilir. | tr_TR |
dc.contributor.department | Biyofizik | tr_TR |
dc.embargo.terms | Acik erisim | tr_TR |
dc.embargo.lift | 2022-01-14T13:24:50Z | |
dc.funding | Yok | tr_TR |