| dc.contributor.advisor | Özkazanç , Yakup | |
| dc.contributor.author | Şahingil , Mehmet Cihan | |
| dc.date.accessioned | 2019-11-26T13:48:48Z | |
| dc.date.issued | 2019-10-02 | |
| dc.date.submitted | 2019-09-30 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/11950 | |
| dc.description.abstract | In this thesis, the studies was carried out on the examination of promoter regions belonging to different genes. Genetic components of Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster and Saccharomyces Cerevisiae species were used in these studies. The main aim for this thesis is to investigate the relationship between the nucleotide regions in the gene promoter regions and gene functionality and gene classes by using various data mining techniques. If this main aim is considered, the investigations can be divided into three main topics. These topics can be listed as the investigation of complexity of the gene promoter regions, the classification of the genes according to the nucleotide regions which are located in the gene promoters, and the examining the relationship between the nucleotide regions in the gene promoters and the amino acid sequence of the proteins which are produced by the corresponding genes.
Within the scope of this thesis, the data commonly used for all of the investigations is the nucleotide regions in the gene promoters. Therefore, as the first step of the investigations, the complexity of the promoter regions of the genes is investigated. In this thesis, entropy analysis and the investigation methods which give the frequency space transformations of the nucleotide sequences are used. According to the used methods it was observed that the complexity level of the promoter regions is high. If the complexity levels of Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster and Saccharomyces Cerevisiae according to the used methodologies are compared, it is observed that Homo Sapiens has the least complexity level among the considered species. On the other hand it is also observed that the determined complexity level for the other species is close to the complexity level for Homo Sapiens.
The second main subject of the thesis is on determining the gene classes by examining the nucleotide sequences in the promoter regions belonging to the genes of Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster and Saccharomyces Cerevisiae. As a result of the classification studies for Homo Sapiens, it was observed that genes having protein coding ability and without protein coding ability could be classified with high performance by examining the nucleotide sequences within the promoter regions only. The gene promoter regions used in this study are those which lie between the nucleotides 50 nucleotides before the gene start nucleotide and 50 nucleotides after the gene start nucleotide. However, when the Drosophila Melanogaster and Saccharomyces Cerevisiae organisms are examined using the same methods, it was found that these organisms are not as successful as Homo Sapiens.
The third and final subject of the thesis is to examine the relationship between the nucleotide sequence in the promoter regions of the genes of the corresponding species and the proteins encoded by the genes of interest. In this study, independent results of Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster and Saccharomyces Cerevisiae species were examined and the results obtained for these species were compared. As a result of these investigation activities, the performance of the one-to-one mapping study between the nucleotide sequence in the promoter regions and the protein-producing amino acid sequence produced by the genes of interest was found to be low for all three species. However, it has been found that the study of presenting a protein set that is intended to contain the protein sequence corresponding to a particular promoter region rather than a one-to-one mapping study has a satisfactory level of performance. In this sense, the most powerful relationship between the nucleotide sequence of the promoter region and the amino acid sequence generated by the corresponding genes is found for Homo Sapiens. Saccharomyces Cerevisiae takes the second and Drosophila Melanogaster takes the third place in this ranking. | tr_TR |
| dc.description.tableofcontents | ÖZET İ
ABSTRACT İV
TEŞEKKÜR Vİİ
İÇİNDEKİLER Vİİİ
ŞEKİLLER DİZİNİ XVİ
ÇİZELGELER DİZİNİ XXXİ
SİMGELER VE KISALTMALAR XXXİİİ
SÖZLÜKÇE XXXV
1. GİRİŞ 1
1.1 Tez Kapsamında Ele Alınan Konular 5
1.2 Tez Kapsamında Kullanılan Yöntemler ve Yaklaşımlar 9
1.3 Tezin Katkısı 11
2. GENEL BİLGİLER 13
2.1 DNA’nın Temel Özellikleri 13
2.2 Genlerin İfade Edilmesi 18
2.2.1 DNA Molekülünün Kopyalanması 21
2.2.1.1 RNA Polimeraz Enzimleri 22
2.2.1.1.1 RNA Polimeraz I 22
2.2.1.1.2 RNA Polimeraz III 23
2.2.1.1.3 RNA Polimeraz II 25
2.2.1.2 DNA Kopyalamanın Başlatılması ve Uzatılmasındaki Düzenlemeler 30
2.2.2 Kopyalanma Sonrası Olaylar (Post-transcriptional Events) 31
2.2.2.1 Şapkalama (Capping) 32
2.2.2.2 Adenin Çoklaması (Polyadenylation) 34
2.2.2.3 mRNA Eklenmesi (Splicing) 35
2.2.2.3.1 mRNA'nın Alternatif Eklenmesi (Alternative Splicing) 39
2.2.2.4 mRNA'nın Düzenlenmesi (mRNA Editing) 42
2.2.2.5 mRNA'nın Çekirdek Dışına Transferi 43
2.2.2.6 mRNA'nın Sitoplazma İçerisindeki Hareketinin Düzenlenmesi 46
2.2.2.7 mRNA'nın Kararlılığı (mRNA Stability) Üzerindeki Düzenlemeler 47
2.2.2.8 mRNA'nın Tercüme Edilmesi (Translation) 47
2.2.2.8.1 Tercüme Edilme Mekanizmasının Kontrolü 48
2.2.2.8.2 Ribozom ve Protein Üretimi 49
2.2.2.9 Gen İfadesinin Küçük RNA’lar İle Engellenmesi 52
2.2.3 Kromatin Yapısı ve Genin İfade Edilmesindeki Rolü 53
2.2.3.1 DNA Metilasyonuyla Kromatin Yapısının Güncellenmesi 57
2.2.3.2 Histon Proteini Değişimleriyle Kromatin Yapısının Güncellenmesi 60
2.2.3.2.1 Asetilasyon 60
2.2.3.2.2 Ubikutinasyon (Ubiquitination) ve Sumolasyon (Sumoylation) 61
2.2.3.2.3 Fosforlanma 63
2.2.3.2.4 Metillenme 64
2.2.3.3 Kromatin Yapısının Güncellenmesinin Diğer Yollar 65
2.2.3.3.1 X-Kromozom Pasifleştirme 66
2.2.3.3.2 Genomik Damgalama 67
2.3 Düzenleyici DNA Dizi Elemanları 68
2.3.1 Gen Promoter Bölgelerdeki Kısa Dizi Elemanları 70
2.3.1.1 70kDa Sıcaklık-Şok (Heat-Shock) Proteini Geni Örneği 74
2.3.1.1.1 CCAAT ve Sp1 Kutuları 75
2.3.1.1.2 Sıcaklık-Şok Elemanı (HSE, Heat-Shock Element) 75
2.3.2 Güçlendiriciler (Enhancers) 76
2.3.3 Negatif Etkili Dizi Elemanları 79
2.3.3.1 Susturucu 80
2.3.3.2 İzolatör 80
2.3.4 Yerel Kontrol Bölgeleri (Locus Control Regions, LCR) 80
2.4 Kopyalama Faktörleri (TF) 81
2.4.1 TF’nin DNA’ya Bağlanması 82
2.4.1.1 Heliks-Dön-Heliks (Helix-Turn-Helix) Motifi 82
2.4.1.2 Çinko Parmağı Motifi (The Zinc Finger Motif) 84
2.4.1.3 Lusin Fermuarı (Leucine Zipper Motif) ve Heliks-Çember-Heliks Motifi (Helix-Loop-Helix Motif) 86
2.4.2 Kopyalamanın Kontrol Edilmesi 88
2.4.2.1 Aktivasyon Bölgeleri (Activation Regions) 88
2.4.2.2 Kopyalama Aktivasyonu Mekanizması 88
2.4.2.3 Kopyalamanın Baskılanması 93
2.4.3 Gen İfadesi Düzenleyicilerinin Kontrolü 93
2.4.4 STAT Faktörleri 95
3. GEN PROMOTER BÖLGESİ KARMAŞIKLIĞININ İNCELENMESİ 96
3.1 Promoter Bölgeleri Üzerinde FT, STFT ve PCA Analizi 97
3.1.1 İnsan Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde STFT ve PCA Analizi 99
3.1.2 İnsan Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde FT ve PCA Analizi 102
3.1.3 Saccharomyces Cerevisiae Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde STFT ve PCA Analizi 105
3.1.4 Saccharomyces Cerevisiae Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde FT ve PCA Analizi 106
3.1.5 Drosophila Melanogaster Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde STFT ve PCA Analizi 108
3.1.6 Drosophila Melanogaster Genomundaki Promoter Bölgeleri Üzerinde FT ve PCA Analizi 109
3.1.7 İnsan, Saccharomyces Cerevisiae ve Drosophila Melanogaster Canlıları Üzerinde Gerçekleştirilen Analizlerin Karşılaştırılması 111
3.2 İnsan Genlerine Ait Promoter Bölgeleri Üzerinde Entropi Analizi 113
3.2.1 Rastgele Belirlenmiş Nükleotit Sekansları İle Promoter Bölgesi Nükleotit Sekanslarının Karşılaştırılması 118
3.3 İnsan Genomu Görselleştirme Çalışmaları 120
3.3.1 Tekrarlayan DNA Sekans Bölgelerinin STFT Kullanılarak Görselleştirilmesi 121
3.3.2 Promoter Bölgelerinin Nandy Plot Yöntemiyle Görselleştirilmesi 124
3.4 Gen Promoter Bölgesi Karmaşıklığı Çalışmalarına Yönelik Değerlendirmeler 126
4. GEN SINIFLANDIRMA ÇALIŞMALARI 128
4.1 İnsan Genomu Üzerindeki İncelemeler 128
4.1.1 Geçiş Matrisleri Kullanılarak Genlerin Bölütlenmesi 129
4.1.1.1 Geçiş Matrisleri 129
4.1.1.2 Bölüt Sayısının Belirlenmesi 130
4.1.1.3 Eğitimsiz Sınıflandırmanın Gerçekleştirilmesi ve Sonuçları 135
4.1.1.3.1 K-Means Eğitimsiz Sınıflandırma Algoritmasının Sonuçları 135
4.1.1.3.1.1 Bölütlemenin 2’li ve 3’lü Nükleotit Geçişlerine Göre Yapılması 136
4.1.1.3.1.2 Bölütlemenin 1’li, 2’li ve 3’lü Nükleotit Geçişlerine Göre Yapılması 140
4.1.1.4 Ardışık Promoter Bölütleri Arasındaki Benzerliğin Belirlenmesi 145
4.1.2 Gen Bölütleri ile Gen Fonksiyonları Arasındaki İlişkinin İncelenmesi 148
4.1.2.1 Genlerin Fonksiyonel Sınıfları 149
4.1.2.2 Fonksiyonel Sınıflandırmaya Göre İnceleme 151
4.1.2.2.1 Kromozomdan Bağımsız inceleme 151
4.1.2.2.2 Kromozoma Bağlı inceleme 153
4.1.2.3 Teorik Sınıflandırmaya Göre İnceleme 154
4.1.2.3.1 Kromozomdan Bağımsız İnceleme 154
4.1.2.3.2 Kromozoma Bağlı İnceleme 156
4.1.3 Gen Promoter Bölgelerini Destek Vektör Makineleri İle Eğitimli Sınıflandırılması 158
4.1.3.1 Promoter Bölgelerinin Sınıflandırılması 159
4.1.3.2 Promoter Alt Sekanslara Ayrılması İle Elde Edilen Analiz Sonuçları 162
4.1.4 Öz Promoter (Core Promoter) Bölgeleri İle Gen Fonksiyonalitesi Arasındaki İlişkilerin İncelenmesi 165
4.1.4.1 Öz Promoter Bölgeleri 166
4.1.4.2 Fonksiyon Sınıflarına Ait Genlerin Öz Promoter Eleman Çeşitlerinin Genel Dağılımı 169
4.1.4.3 Fonksiyon Sınıflarına Ait Genlerin Öz Promoter Eleman Kombinasyonunun Dağılımı 173
4.1.5 Protein Kodlayan ve Protein Kodlamayan Genlerin Eğitimsiz Sınıflandırılma Çalışmaları 176
4.1.5.1 TSS-50 ile TSS+50 Arasındaki Bölgenin İncelenmesi 177
4.1.5.1.1 K-Means Eğitimsiz Sınıflandırma Sonuçları 177
4.1.5.1.2 Mahalanobis ve Bhattacharyya Uzaklık Metriklerini Kullanarak Promoter Bölgelerinin Sınıflandırılması 184
4.1.5.1.2.1 Mahalanobis Uzaklığı Sonuçları 185
4.1.5.1.2.2 Bhattacharyya Uzaklığı Sonuçları 187
4.1.5.1.3 Promoter Bölgelerinin Biclustering Yöntemiyle Eğitimsiz Sınıflandırılması 188
4.1.5.1.3.1 2 Sınıflı Biclustering Sonuçları 193
4.1.5.1.3.2 3 Sınıflı Biclustering Sonuçları 196
4.1.5.2 TSS ile TSS-300 Arasındaki Bölgenin İncelenmesi 199
4.2 Drosophila Melanogaster Genomu Üzerindeki İncelemeler 204
4.2.1 K-Means Eğitimsiz Sınıflandırma Sonuçları 205
4.3 Saccharomyces Cerevisiae Genomu Üzerindeki İncelemeler 209
4.3.1 K-Means Eğitimsiz Sınıflandırma Sonuçları 209
4.4 Gen Sınıflandırma Çalışmalarına Yönelik Değerlendirmeler 213
5. PROMOTER BÖLGESİ NÜKLEOTİT DİZİLİMİ İLE ÜRETİLEN PROTEİN AMİNOASİT DİZİLİMİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN İNCELENMESİ 215
5.1 CCA Metodolojisi ve Kullanılan Yöntemin Geçerliliği 215
5.2 Saccharomyces Cerevisiae Genomu Üzerindeki İncelemeler 217
5.2.1 Promoter Bölgesi Nükleotit Dizilimine Göre Yapılan İncelemeler 218
5.2.1.1 Promoter Bölgeleri İle Protein Sekanslarının FFT Sonuçları Üzerinden CCA Uygulaması 218
5.2.1.2 Promoter Bölgeleri İle Protein Sekanslarının İstatistiksel Momentleri Üzerinden CCA Uygulaması 221
5.2.1.3 CCA Aracının Eğitimli Sınıflandırma Algoritması Olarak Kullanılması 224
5.2.1.3.1 En Büyük CCA Korelasyon Katsayısına Denk Gelen Dönüşüm Vektörünün Kullanılması 225
5.2.1.3.2 En Küçük CCA Özdeğerine Denk Gelen Özvektörün Kullanılması 227
5.2.1.3.3 TSS Noktasından Sonraki Bölgeden (Downstream) Nükleotit Alarak Oluşturulan Nükleotit Sekanslarıyla Uygulama Geliştirme 229
5.2.2 Promoter Bölgesindeki Öz Promoter Bölgelerine Göre Yapılan İncelemeler 238
5.2.2.1 Öz Promoter Bölgelerinin Bulunma Durumu İle Protein Sekanslarının FFT Sonuçları Üzerinden CCA Uygulaması 238
5.2.2.2 CCA Aracının Eğitimli Sınıflandırma Algoritması Olarak Kullanılması 241
5.2.2.2.1 Öz Promoter Bölgesine Göre Oluşturulan Öznitelik Matrisinin Kullanılması 241
5.2.2.2.2 Öz Promoter Bölgesine Göre Oluşturulan Öznitelik Matrisinin PCA ile Birlikte Kullanılması 244
5.2.2.2.3 En Küçük Özdeğere Karşılık Gelen CCA Katsayı Vektörlerinin Sonuçları 246
5.2.2.2.4 FFT Sonuçlarının Faz Açısı Değerlerinin İncelenmesi 248
5.2.2.2.5 FFT Sonuçlarının Faz Açısı Değerlerinin ve En Büyük CCA Özdeğerine Denk Gelen Dönüşüm Vektörünün Kullanılması 249
5.2.2.2.6 FFT Sonuçlarının Faz açısı ve Genlik Değerlerinin Birlikte Kullanılması 250
5.2.2.2.7 Dönüşüm Vektörleri Olarak Dönüşüm Matrisinin Tamamının Kullanılması 251
5.2.3 PWM Temelli Öznitelik Matrisi Kullanılarak Gerçekleştirilen Analizler 257
5.2.3.1 Sadece TSS Öncesi Bölgede Bulunan Promoter Sekansıyla Yapılan İncelemeler 259
5.2.3.2 TSS Sonrası Bölgeden Nükleotit Alarak Oluşturulan Promoter Sekansıyla Yapılan İncelemeler 265
5.3 Drosophila Melanogaster Genomu Üzerindeki İncelemeler 277
5.3.1 Promoter Bölgesi Nükleotit Dizilimine Göre Yapılan İncelemeler 277
5.3.1.1 Promoter ve Protein Bölgelerinin FFT Dönüşümlerine Ait Genlik Değerlerinin İncelenmesi 278
5.3.1.2 Promoter ve Protein Bölgelerinin FFT Dönüşümlerine Ait Faz Açısı Değerlerinin İncelenmesi 279
5.3.2 Promoter Bölgesindeki Öz Promoter Bölgelerine Göre Yapılan İncelemeler 281
5.3.2.1 Promoter Bölgelerindeki 1. Öz Promoter Setine Göre Oluşturulmuş Öznitelik Matrisi ve Protein Bölgelerinin İncelenmesi 281
5.3.2.2 Promoter Bölgelerindeki 2. Öz Promoter Setine Göre Oluşturulmuş Öznitelik Matrisi ve Protein Bölgelerinin İncelenmesi 283
5.3.2.3 Promoter Bölgelerindeki 3. Öz Promoter Setine Göre Oluşturulmuş Öznitelik Matrisi ve Protein Bölgelerinin İncelenmesi 284
5.3.2.4 Promoter Bölgelerindeki 1. 2. ve 3. Öz Promoter Setine Göre Oluşturulmuş Öznitelik Matrisi ve Protein Bölgelerinin İncelenmesi 286
5.3.2.5 CCA Özvektörlerinin Ağırlıklarının İncelenmesi 287
5.4 İnsan, Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae Genomları İçin Promoter Bölgesi Nükleotit Dizilimi ile Üretilen Protein Ürünü Amino Asit Dizilimi Arasındaki İlişkilerin Karşılaştırılması 289
5.4.1 Promoter Bölgesi Nükleotit Dizilimi İle Protein Dizilimi Arasındaki İlişkinin İncelenmesinde Kullanılan Metodoloji 290
5.4.2 Genelleştirilmiş İnceleme 293
5.4.3 Beer ve Tavazoi’nin Önerdiği Öznitelik Değerleriyle Karşılaştırma 298
5.5 Promoter Bölgesi Nükleotit Dizilimi İle Protein Dizilimi Arasındaki İlişkinin İncelenmesine Yönelik Değerlendirmeler 300
6. SONUÇLAR VE GELECEK ÇALIŞMALAR 303
6.1 Gelecek Çalışmalar 306
KAYNAKLAR 309
EKLER 320
EK 1 – Temel Bileşen Analizi 320
EK 2 – Fourier Dönüşümü 325
EK 3 – Kısa Zamanlı Fourier Dönüşümü 327
EK 4 – Entropi 329
EK 5 – Bölütleme Değerlendirme İndisleri 330
EK 6 – Benzerlik Belirleme Yöntemleri 332
EK 7 – Kanonik Korelasyon Analizi 334
EK 8 – Nükleotit Dizisi Haritalama Yöntemleri 337
EK 9 – Kullanılan Veri Tabanları 344
EK 10 – Tezden Türetilmiş Yayınlar 345
EK 11 – Tezden Türetilmiş Bildiriler 346
EK 12 – Tez Çalışması Orjinallik Raporu 347
ÖZGEÇMİŞ 348 | tr_TR |
| dc.language.iso | tur | tr_TR |
| dc.publisher | Fen Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
| dc.subject | Gen | tr_TR |
| dc.subject | Gen regülasyonu | tr_TR |
| dc.subject | Promoter | tr_TR |
| dc.subject | Veri madenciliği | tr_TR |
| dc.subject | Homo sapiens | tr_TR |
| dc.subject | Drosophila melanogaster | tr_TR |
| dc.subject | Saccharomyces cerevisiae | tr_TR |
| dc.title | Veri Madenciliği Teknikleri Kullanılarak Gen
Regülasyonunun İncelenmesi | tr_TR |
| dc.title.alternative | An Investigation Of Gene Regulation Via Data
Mining Techniques | tr_eng |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis | tr_TR |
| dc.description.ozet | Bu tez kapsamında, birbirinden farklı genlere ait promoter bölgelerinin içerisinde bulunan nükleotit dizilimlerinin incelenmesi üzerine çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Yapılan çalışmalarda Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae canlı türlerine ait genetik öğeler kullanılmıştır. Tez kapsamında güdülen temel amaç, gen promoter bölgeleri içerisindeki nükleotit bölgeleri ile genlerin fonksiyonalitesi ve sınıfları arasındaki ilişkileri, çeşitli veri madenciliği tekniklerini kullanarak incelemektir. Bu temel amaç göz önünde bulundurulduğunda yapılan incelemelerin üç temel başlık altında toplanabileceği değerlendirilmektedir. Bu temel inceleme konuları, genlerin promoter bölgesi karmaşıklığının incelenmesi, genlerin promoter bölgesi sekansına bağlı olarak sınıflandırılması ve gen promoter bölgesindeki nükleotit dizilimi ile ilgili genler tarafından üretilen protein içerisindeki amino asit sekansı arasında ilişki kurma çalışmaları olarak sıralanabilir.
Tez kapsamında gerçekleştirilen incelemelerin tümünde ortak kullanılan veri, genlere ait promoter bölgelerindeki nükleotit dizilimleridir. Bu sebeple, incelemelerin ilk adımında genlere ait promoter bölgelerindeki nükleotit diziliminin karmaşıklığının incelenmesi üzerine çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Bu tez kapsamda temel olarak nükleotit dizilimlerinin frekans uzayındaki dönüşümleri üzerinden inceleme yapan metotlar ve entropi incelemesi gerçekleştirilmiştir. Kullanılan yöntemler ile promoter bölgelerinin karmaşıklık düzeyinin yüksek olduğu görülmüştür. Tez kapsamında kullanılan metodolojiler açısından Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae canlılarının promoter bölgelerinin karmaşıklığı birbiriyle karşılaştırıldığında ise en az karmaşıklık düzeyinin Homo Sapiens canlısında olduğu fakat diğer canlılar için tespit edilen karmaşıklık düzeyinin, Homo Sapiens canlısı için tespit edilen karmaşıklık seviyesine yakın olduğu görülmüştür.
Tez kapsamındaki ikinci temel inceleme konusu, Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae canlılarının sahip olduğu genlere ait promoter bölgelerindeki nükleotit dizilimleri incelenerek promoter bölgelerinin ait olduğu genlerin sınıflandırılması üzerinedir. Gerçekleştirilen sınıflandırma çalışmaları sonucunda, Homo Sapiens canlısına ait protein kodlama yeteneği bulunan ve protein kodlama yeteneği bulunmayan genlerin sadece promoter bölgeleri içerisindeki nükleotit dizilimleri incelenerek yüksek bir başarım ile sınıflandırılabildiği gözlenmiştir. Bu incelemede kullanılan gen promoter bölgeleri, gen başlangıç nükleotitinden 50 nükleotit önceki ve gen başlangıç nükleotitinden 50 nükleotit sonraki nükleotitler arasında kalan bölgelerdir. Fakat aynı metotlar kullanılarak Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae canlıları incelendiğinde, bu canlılar için Homo Sapiens kadar yüksek başarıma ulaşılamadığı tespit edilmiştir.
Tez kapsamındaki üçüncü ve son temel inceleme konusu ise ilgili canlı türlerinin sahip olduğu genlere ait promoter bölgelerindeki nükleotit dizilimi ile ilgili genler tarafından kodlanan proteinler arasındaki ilişkinin incelenmesi üzerinedir. Bahse konu inceleme çalışmalarında Homo Sapiens, Drosophila Melanogaster ve Saccharomyces Cerevisiae canlı türleri için birbirinden bağımsız sonuçların incelenmesinin yanında, bu canlı türleri için elde edilen sonuçların birbiriyle karşılaştırılması da yapılmıştır. Bu inceleme faaliyetlerinin sonucunda, promoter bölgelerindeki nükleotit dizilimi ile ilgili genler tarafından üretilen proteini oluşturan amino asit sekansı arasında birebir eşleme çalışmasının başarımının her üç canlı türü için de düşük olduğu tespit edilmiştir. Bununla birlikte, birebir eşleştirme çalışması yerine belirli bir promoter bölgesine karşılık gelen protein sekansının içerisinde bulunması öngörülen bir protein seti sunma çalışmasının tatmin edici düzeyde bir başarım seviyesine sahip olduğu görülmüştür. Bu anlamda, promoter bölgesinin nükleotit sekansı ile karşılık gelen genler tarafından üretilen amino asit sekansı arasındaki en güçlü ilişki Homo Sapiens için bulunmaktadır. Bu sıralamada Saccharomyces Cerevisiae ikinci, Drosophila Melanogaster ise üçüncü sırada yer almaktadır. | tr_TR |
| dc.contributor.department | Elektrik –Elektronik Mühendisliği | tr_TR |
| dc.embargo.terms | Acik erisim | tr_TR |
| dc.embargo.lift | 2019-11-26T13:48:48Z | |
| dc.funding | Yok | tr_TR |
