Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.advisorHAYTA, Burcu
dc.contributor.authorAYDINOĞLU, Ayşe Tülay
dc.date.accessioned2019-08-15T08:15:20Z
dc.date.issued2019
dc.date.submitted2019-07-30
dc.identifier.citationAydınoğlu, A.T., İnflamasyon İle İlişkili Nöromüsküler Hastalıklarda Dolaşımdaki Mitokondriyal DNA’nın Araştırılması, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2019.tr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/8587
dc.description.abstractNeuromuscular diseases, mostly being among the rare genetic diseases, include a wide range of syndromes and diseases in which directly or indirectly skeletal muscle structure and function are affected. Recent scientific research has focused on defining common mechanisms involved in the pathogenesis of rare diseases and identifying novel therapeutic targets. Inflammation is one of the prominent features of the majority of neuromuscular diseases. The research carried out on different diseases showed that circulating cell free mtDNA (ccf-mtDNA) takes part in the development of innate immune response as a pro-inflammatory factor. No studies to date have investigated the presence, amount and the potential function of ccf-mtDNA during inflammation process in the inflammatory neuromuscular diseases. In this thesis; absolute quantitation of the amount of ccf-mtDNA found in plasma of patients with (1) autoimmune neuromuscular diseases, (2) the hereditary neuromuscular diseases associated with muscle inflammation and (3) the hereditary neuromuscular diseases without muscle inflammation, was done by RT-qPCR and the results were analyzed in comparison with the healthy control samples. In MG, which is an autoimmune neuromuscular disease, a statistically significant increase in the copy number of ccf-mtDNA by 5,6 fold (p=0,0119) were detected in the patients without any additional treatment compared to control, while there was a statistically significant 1,8 fold (p=0,0476) decrease in the copy number of ccf-mtDNA of the patients who received treatment compared to control. In the second group, there was no statistically significant difference in the ccf-mtDNA copy number in FSHD and LGMD2B patients, while in the third group, there was a statistically significant 2-fold increase (p=0,0017) in SMA patients. Key words: absolute quantitation, ccf-mtDNA, inflammation, neuromuscular diseases.tr_TR
dc.description.sponsorshipBu tez Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından desteklenmiştir (Proje no: TYL-2018-17372).tr_TR
dc.description.tableofcontentsONAY SAYFASI YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI ETİK BEYAN TEŞEKKÜR ÖZET ABSTRACT İÇİNDEKİLER SİMGELER VE KISALTMALAR ŞEKİLLER TABLOLAR 1. GİRİŞ 2. GENEL BİLGİLER 2.1. Mitokondri ve Mitokondiyal DNA (mtDNA) 2.2. Dolaşımdaki Serbest mtDNA (circulating cell-free mtDNA/ccf-mtDNA) 2.2.1. ccf-mtDNA ve Sistemik Dolaşıma Katılma Mekanizmaları 2.2.2. ccf-mtDNA ve Sistemik Dolaşımda Bulunma Şekilleri 2.3. ccf-mtDNA ve İnflamasyon İlişkisi 2.4. ccf-mtDNA ve Hastalıklarla İlişkisi 2.5. İnflamasyonla İlişkili Nöromüsküler Hastalıklarda ccf-mtDNA’nın Olası İşlevi 3. BİREYLER VE YÖNTEM 3.1. Bireyler 3.2. Çalışmalarda Kullanılan Kimyasal Malzeme, Solüsyon ve Cihazlar 3.2.1. Periferik Kandan Plazma/Serum İzolasyonu 3.2.2. Plazma/Serum Örneklerinden ccf-DNA İzolasyonu 3.2.3. ccf-DNA Konsantrasyon Ölçümü 3.2.4. İnsan mtDNA’sı ile Dış Standart Örneklerin Hazırlanması .2.5. Gerçek Zamanlı Kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR) ile ccf-mtDNA’nın Absolut (Mutlak) Kantitasyonu 3.2.6. Agaroz Jel Elektroforezi 3.3. Yöntemler 3.3.1. Periferik Kandan Plazma/Serum İzolasyonu 3.3.2. Plazma/serum örneklerinden ccf-DNA İzolasyonu 3.3.3. ccf-DNA Konsantrasyonunun Florometrik Ölçümü 3.3.4. Kalibrasyon Eğrisi Çizimi için İnsan mtDNA’sı ile Dış Standart Örneklerin Hazırlanması 3.3.5. RT-qPZR ile Plazma Örneklerinde Bulunan ccf-mtDNA Miktarının Absolüt Kantitasyonu 3.3.6. Verilerin Değerlendirilmesi ve İstatistiksel Analiz 4. BULGULAR 4.1. ccf-DNA İzolasyon Protokolünün Optimize Edilmesi 4.2. Hasta ve Kontrol Gruplarına Ait Plazma Örneklerinden ccf-DNA İzolasyonu 4.3. Dış Standart Örnekler ile Kalibrasyon Eğrisi Çizimi 4.4. RT-qPZR ile Çalışma Gruplarına Ait Plazma Örneklerinde Bulunan ccf-mtDNA Miktarının Absolüt Kantitasyonu 4.4.1. Otoimmün Nöromüsküler Hastalıklarda Plazmadaki ccf-mtDNA Miktarının Analizi 4.4.2. Sekonder Olarak Kas Dokusunda İnflamasyon Bulgularının Saptandığı Kalıtsal Nöromüsküler Hastalıklarda Plazmadaki ccf-mtDNA Miktarının Analizi 4.4.3. Kas Dokusunda İnflamasyon Gözlenmeyen Kalıtsal Nöromüsküler Hastalıklarda Plazmadaki ccf-mtDNA Miktarının Analizi 5. TARTIŞMA 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 6.1. Sonuçlar 6.2. Öneriler 7. KAYNAKLAR 8. EKLER EK-1. Tez Çalışması ile ilgili Etik Kurul İzni EK-2. Myasteni Gravis (MG) Hastalarına Ait Plazma Örneklerinde Bulunan ccf-mtDNA miktarının Absolüt Kantitasyonu EK-3. Fasiyoskapulohumeral Kas Distrofisi (FSHD) ve Disferlinopati (LGMD2B) Hastalarına Ait Plazma Örneklerinde Bulunan ccf-mtDNA miktarının Absolüt Kantitasyonu EK-4. Spinal Müsküler Atrofi (SMA) Hastalarına Ait Plazma Örneklerinde Bulunan ccf-mtDNA miktarının Absolüt Kantitasyonu EK-5. Tez Orjinallik Ekran Görüntüsü EK-6: Dijital Makbuz 9. ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.subjectabsolut kantitasyontr_TR
dc.subjectccf-mtDNAtr_TR
dc.subjectinflamasyontr_TR
dc.subjectnöromüsküler hastalıklartr_TR
dc.subjectabsolute quantitationtr_TR
dc.subjectinflammationtr_TR
dc.subjectneuromuscular diseasestr_TR
dc.subject.lcshKonu Başlıkları Listesi::Tıptr_TR
dc.titleİnflamasyon İle İlişkili Nöromüsküler Hastalıklarda Dolaşımdaki Mitokondriyal DNA'nın Araştırılmasıtr_TR
dc.title.alternativeInvestigation of the Circulating Mitochondrial DNA in Inflammation Related Neuromuscular Diseasesen
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesistr_TR
dc.description.ozetNöromüsküler hastalıklar, çoğu nadir genetik hastalıklar içerisinde yer almakla beraber, direkt ya da dolaylı olarak iskelet kas yapısı ve işlevinin etkilendiği çok geniş sendrom ve hastalıklar grubunu içermektedir. Güncel araştırmalar nadir hastalıkların patogenezinde rol oynayan ortak mekanizmaları tanımlayarak tedavi hedefleri bulma üzerine yoğunlaşmış durumdadır. Farklı etmenlere bağlı olarak ortaya çıkan nöromüsküler hastalıkların büyük çoğunluğunda inflamasyon öne çıkan özelliklerdendir. Farklı hastalıklara yönelik yapılan araştırmalar, dolaşımdaki serbest mtDNA’nın (ccf-mtDNA) pro-inflamatuar bir faktör olarak doğal immün yanıt oluşumunda görev aldığını göstermiştir. Günümüze kadar, inflamasyonla ilişkili nöromüsküler hastalıklarda ccf-mtDNA’nın varlığını, miktarını veya inflamasyon sürecindeki olası işlevini araştırmaya yönelik bir çalışma yapılmamıştır. Tez çalışması kapsamında; (1) otoimmün nöromüsküler hastalıklarda, (2) sekonder olarak kas dokusunda inflamasyon bulgularının saptandığı kalıtsal nöromüsküler hastalıklarda ve (3) kas dokusunda inflamasyon gözlenmeyen kalıtsal nöromüsküler hastalığa sahip bireylere ait plazmadaki ccf-mtDNA miktarının RT-qPZR ile absolut kantitasyonu yapılmış ve sonuçlar sağlıklı kontrol örnekler ile karşılaştırmalı olarak analiz edilmiştir. Otoimmün hastalıklar grubunda yer alan MG’de; ek tedavi uygulaması yapılmayan hastalarda ccf-mtDNA kopya sayılarının istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde 5,6 kat arttığı saptanırken (p=0.0119), tedavi alan hastalarda 1,8 kat azaldığı belirlenmiştir (p=0.0476). İkinci grupta yer alan FSHD ve LGMD2B hastalarındaki ccf-mtDNA kopya sayılarının kontrol örneklere kıyasla değişmediği saptanırken, üçüncü grupta yer alan SMA hastalığında ise istatistiksel olarak anlamlı şekilde 2 kat arttığı sonucuna ulaşılmıştır (p=0.0017). Anahtar Kelimeler: absolut kantitasyon, ccf-mtDNA, inflamasyon, nöromüsküler hastalıklartr_TR
dc.contributor.departmentTıbbi Biyolojitr_TR
dc.embargo.terms6 aytr_TR
dc.identifier.ORCIDhttps://orcid.org/0000-0001-7190-1947tr_TR
dc.subject.mscMathematics Subject Classification::Biology and other natural sciencestr_TR
dc.subject.ieeeIEEE Thesaurus Terms::Science - generaltr_TR
dc.subject.ericERIC Thesaurus::Science and Technologytr_TR


Bu öğenin dosyaları:

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster