Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.advisorDudak Şeker, Fahriye Ceyda
dc.contributor.authorÖz, Hafize
dc.date.accessioned2021-10-13T06:30:50Z
dc.date.issued2021
dc.date.submitted2021-01-15
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/25429
dc.description.abstractHistamine, one of the most frequently found biogenic amines in foods, threatens public health due to its high toxicity. Therefore, rapid, and sensitive quantification of histamine in food samples has vital importance in terms of human health and food safety. Bioassays and biosensors, in which histamine specific enzymes or antibodies are used as biological recognition agents, allow rapid, sensitive, and easy detection of histamine. However, the difficulties in the production of antibodies against low molecular weight targets such as histamine, reduces their applicability. The laborious and costly production of biological recognition molecules and easy loss of their activity due to changes in environmental conditions, bring up the development of artificial recognition agents and their use in bioassays. Therefore, there is an urgent need for the development of histamine binding artificial recognition agents to be used in bioassays. Phage display technology has been used frequently in the selection and development of novel recognition agents that show affinity to various target molecules. Today, phage display technology is used to identify v peptide ligands that bind selectively to many low molecular weight organic molecules with high affinity. In this study, it was aimed to identify peptides that bind specifically to a food-borne chemical intoxication agent, histamine, using the phage display method. For this purpose, the 12mer phage display peptide library was added to BSA-histamine immobilized microtiter well and incubated. Then the non-binding phages were discarded by washing and the bound phages were eluted from the wells. The same panning cycle was repeated for three times after amplification of the bound phages. In the last panning cycle, histidine binding phages were eliminated by adding the histidine amino acid, which has a similar structure to histamine for enhancing the selectivity of the histamine binding phages. Thus, 41 phage clones thought to have different peptide sequences that bind to histamine, were isolated. The affinity of phage clones to histamine was examined by the phage-ELISA method and DNAs belonging to 7 phage clones showing high affinity were isolated and peptide sequences were determined. Following the sequence analysis, 4 peptides (HBF5, HBF10, HBF14, and HBF26) with the highest affinity and different sequences were synthesized and the thermodynamic properties of their binding properties were determined by using isothermal titration calorimetry. It was observed that HBF10 peptides with SGFRDGIEDFLW peptide sequence and HBF26 with the sequence of IPLENQHKIYST showed high affinity for histamine, and both peptides did not show an affinity for histidine amino acid, which is similar in structure to histamine. The secondary structures of the HBF26 peptide were examined using circular dichroism spectroscopy. The circular dichroism spectrum could not be obtained due to the low solubility of the HBF10 peptide in water. At the end of the study, it is thought that the HBF10 and HBF26 peptides determined by using the phage display method have the potential to be used in various bioassay and biosensor systems for the determination of histamine.tr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherFen Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/*
dc.subjectGıda güvenliğitr_TR
dc.subjectBiyoanaliztr_TR
dc.subjectHistamintr_TR
dc.subjectFaj gösterim yöntemitr_TR
dc.subjectPeptit ligandlartr_TR
dc.subject.lcshGıda mühendisliğitr_TR
dc.titleHistamine Bağlanan Peptitlerin Faj Gösterim Yöntemi İle Belirlenmesitr_TR
dc.title.alternativeIdentifıcation of Histamine Binding Peptides by Phage Display Technology
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/masterThesistr_TR
dc.description.ozetGıdalarda en çok rastlanılan biyojenik aminlerden biri olan histamin, toksikolojik etkilerinden dolayı halk sağlığını tehdit etmektedir. Bu nedenle gıdalardaki histamin seviyesinin hızlı ve hassas tayini, insan sağlığı ve gıda güvenliği açısından büyük önem taşımaktadır. Biyolojik tanıyıcı ajan olarak histamin spesifik enzimlerin veya antikorların kullanıldığı biyoanaliz kitleri ve biyosensörler histaminin hızlı, hassas ve kolay tayinine olanak sağlamaktadır. Ancak histamin gibi düşük moleküler ağırlığa sahip immün cevap oluşturmayan hedeflere karşı antikor üretimininin oldukça zor olması uygulanabilirliği azaltmaktadır. Biyolojik tanıyıcı moleküllerin üretimlerinin zahmetli ve maliyetli olmasının yanında çevresel koşulların değişmesiyle aktivitelerini kolayca kaybetmeleri, yapay tanıyıcı ajanların geliştirilmesini ve biyoanalizlerde kullanılmasının önünü açmıştır. Faj gösterim teknolojisi ile çeşitli hedef moleküllere seçici olarak bağlanan yapay tanıyıcı moleküller geliştirilebilmektedir. Günümüzde faj gösterim teknolojisi, ii düşük moleküler ağırlıklı birçok organik moleküle seçici olarak yüksek afinite ile bağlanan peptit ligandların belirlenmesinde kullanılabilmektedir. Tez çalışmasında, faj gösterim yöntemi kullanılarak gıda kaynaklı kimyasal intoksikasyon etmeni olan histamine spesifik bağlanan peptitlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, 12mer faj gösterim peptit kütüphanesi, BSA-histamin immobilize edilmiş kuyucuklara eklenmiş ve inkübe edilmiştir. Ardından yıkama işlemi ile bağlanmayan fajlar uzaklaştırılmış ve bağlanan fajlar kuyucuklardan geri alınmıştır. Bağlanan fajlar çoğaltılarak aynı seçim döngüsü üç defa tekrarlanmıştır. Son seçim döngüsünde histamine benzer yapıda olan histidin amino asiti ilave edilerek histidine bağlanan fajların uzaklaştırılması amaçlanmıştır. Böylelikle histamine bağlanan birbirinden farklı peptit dizilimi taşıdığı düşünülen 41 adet faj klonu izole edilmiştir. Faj klonlarının histamine gösterdikleri afinite, faj-ELISA yöntemi ile incelenmiş ve yüksek afinite gösterdiği belirlenen 7 faj klonuna ait DNA’lar izole edilmiş ve peptit dizilimleri belirlenmiştir. Dizi analizi sonucunda en yüksek afiniteye sahip ve birbirinden farklı sekansta olan 4 peptit (HBF5, HBF10, HBF14 ve HBF26) sentezlenmiş ve bağlanma özelliklerine ait termodinamik özellikleri izotermal titrasyon kalorimetrisi kullanılarak belirlenmiştir. SGFRDGIEDFLW peptit dizilimine sahip HBF10 ve IPLENQHKIYST dizilimine sahip HBF26 peptitlerinin histamine yüksek afinite gösterdiği gözlenmiş, histamine yapıca benzer olan histidin amino asitine ise her iki peptitin de afinite göstermediği görülmüştür. HBF26 dizilimine sahip peptite ait dairesel dikroizm spektrskopisi kullanılarak incelenmiştir. HBF10 peptitinin suda çözünürlüğü düşük olduğundan dairesel dikroizm spektrumu elde edilememiştir. Çalışma sonunda faj gösterim yöntemi kullanılarak belirlenen HBF10 ve HBF26 peptitlerinin histaminin tayinine yönelik çeşitli biyoanaliz ve biyosensör sistemlerinde kullanım potansiyeline sahip olduğu düşünülmektedir.tr_TR
dc.contributor.departmentGıda Mühendisliğitr_TR
dc.embargo.termsAcik erisimtr_TR
dc.embargo.lift2021-10-13T06:30:50Z
dc.fundingBilimsel Araştırma Projeleri KBtr_TR


Bu öğenin dosyaları:

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster

info:eu-repo/semantics/openAccess
Aksi belirtilmediği sürece bu öğenin lisansı: info:eu-repo/semantics/openAccess