Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.advisorEsendağlı, Güneş
dc.contributor.authorYöyen Ermiş, Diğdem
dc.date.accessioned2019-04-08T06:26:31Z
dc.date.issued2019-03-12
dc.date.submitted2019-03-12
dc.identifier.citationAPAtr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/6421
dc.description.abstractPeptide structured small molecules function in the regulation of a variety of physiological processes and intercellular communication. In this study, precursor sequences of known 17 CXCL chemokine molecules were analyzed through a rationalistic and genuine algorithm. Small peptide molecules derived from these precursor sequences were determined and those (15 out of 17 molecules) which are appropriate for synthesis and in vitro testing were selected. The effects of these molecules on activation, proliferation and cytokine synthesis of immune cells in peripheral blood were assayed in the presence of various stimulants. Small peptide molecules derived from CXCL chemokine precursors (11 molecules) were determined with a potential to modulate immune responses. Three molecules (Pep8, Pep14, Pep17-2) determined to possess the highest impact were synthesized and labeled with fluorescein and data were gathered on their interaction with specific types of immune cells. In conclusion, our study was demonstrated that many peptide derivatives synthesized affect the immune responses in different aspects and various sensitivities. These small peptide molecules interacted with especially myeloid cells. These interaction capacities of small peptide molecules were considered to be candidates for targeting acute myeloid leukemia (AML) cells. The highest interaction between peptides and AML cell lines was observed between Pep14 and THP-1, which is a monocytic subgroup of AML cell lines. We observed that CD11bhigh cells more prone to uptake these peptides compared to CD11blow ones. These small peptides specific endocytosis mechanisms were evaluated and it was observed that they can use all endocytic pathways.tr_TR
dc.description.sponsorshipTÜBİTAKtr_TR
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iii ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER ve KISALTMALAR xii ŞEKİLLER xv TABLOLAR xx 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 4 2.1. Doğal İmmünite Ve İnflamasyon 4 2.2. Miyeloid Hücre Gelişimi 8 2.3. Kemokinler 11 2.3.1. Kemotaksis 11 2.3.2. Kemokin Ailesi 13 2.4. İnflamasyon Ve CXCL Kemokinler 14 2.5. Kemokin Biyosentezi 18 2.5.1. Kemokinlerin Hücre İçi Taşınımı Ve Salımı 19 2.5.2. Kemokinlerin Post-Translasyonel Modifikasyon İle Biyoaktivite Kazanması 20 2.5.3. Alternatif Kesimler Sonucu Açığa Çıkan Küçük Peptit Moleküllerinin Biyoaktif Özellikleri 24 2.6. Küçük Peptitlerin Hücreler İle Etkileşimi 25 2.7.Endositoz 29 2.7.1. Klatrin-Aracılı Endositoz (Clathrin-Mediated Endocytosis) 30 2.7.2 Kaveol-Aracılı Endositoz (Caveolae-Mediated Endocytosis) 31 2.7.3 Makropinositoz 32 ix 2.7.4 Fagositoz 34 3. GEREÇ VE YÖNTEM 36 3.1. Çalışmada Kullanılan Malzemeler 36 3.2. Hazırlanan Tampon Ve Çözeltiler 37 3.3. Cxcl Kemokinlerine Ait Öncül Peptit Dizilerinin Belirlenmesinde Kullanılan Tasarım Algoritması 38 3.4. Küçük Peptit Moleküllerinin Sentezi Ve Çözülmesi 40 3.5. İnsan Periferik Kan Mononükleer (Pkm) ve Polimorfonükleer (Pmn) Hücre İzolasyonu 40 3.6. Lökosit Alt-Tiplerinin Saflaştırılması 41 3.6.1 Manyetik-Aktive Hücre Ayrımlaması (Magnetic-Activated Cell Sorting, Macs) 43 3.6.2 Floresan-Aktive Hücre Ayrımlaması (Fluorescence-Activated Cell Sorting, Facs) 43 3.7. Hücre Sayımı 44 3.8. Hücre Kültürü 45 3.9. Mtt Yöntemi İle Canlılık Analizleri 45 3.10. Pkm Hücrelerinin Uyarılması 46 3.11. Akım Sitometri Analizleri 47 3.12. Karboksi Floresan Süksinimidil Ester (Carboxyfluorescein Succinimidyl Ester, Cfse) Boyama İle Hücre Çoğalma Analizi 49 3.13. Enzim İlintili İmmün Test (Enzyme Linked Immunosorbent Assay, Elısa) Deneyleri 50 3.15. Hücre Yüzey Floresan Işımasının Söndürülmesi (Quenching) 54 3.16. Endositoz İnhibitörlerinin Toksik Olmayan Dozlarının Belirlenmesi 54 3.17. Küçük Peptit Moleküllerinin Hücre İçine Alım Yollarının Belirlenmesi 55 3.18. Floresan Mikroskopi 56 3.19. İstatistiksel Analizler 56 4. BULGULAR 57 x 4.1. CXCL Kemokinlere Ait Öncül Peptit Dizilerinin İn Silico Analizler İle Tasarlanması 57 4.2. Belirlenen CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptitlerin Periferik Kan Hücrelerinin Canlılığına Etkisi 69 4.3. CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptit Moleküllerinin Periferik Kan Mononükleer Hücrelerinin Aktivasyonuna Etkileri 73 4.4. CXCL Öncül Dizilerinden Türevlenen Küçük Peptit Moleküllerinin Periferik Kan Mononükleer Hücrelerinin Çoğalması Üzerine Etkileri 80 4.5. CXCL Öncül Peptit Dizilerinden Türevlenen Küçük Moleküllerin Periferik Kan Mononükleer (PKM) Hücrelerinden Üretilen Salgılanan Sitokin Düzeyleri Üzerine Etkileri 83 4.6. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin İmmün Hücreler İle Etkileşimi 88 4.7. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin Lökositler İle Zaman Ve Sıcaklığa Bağlı Etkileşimi 4.8. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptitlerinin Periferik Kan Lökositleri İle Etkileşiminin Floresan Mikroskopi Doğrulaması 4.9. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Peptit Moleküllerinin Lösemi Hücre Hatları İle 93 97 Miyeloid Hücre Etkileşimi 100 4.10. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2’nin Miyeloid Hücrelerle Etkileşim Kapasitesinin Hücrelerin Olgunluk Düzeyi İle İlişkisi. 116 4.11. Pep8, Pep14 Ve Pep17-2 Küçük Peptit Moleküllerinin Hücre İçine Alım Mekanizmalarının Araştırılması 117 5. TARTIŞMA 122 6. SONUÇ ve ÖNERİLER 140 7. KAYNAKLAR 143 8. EKLER EK-1: Tez Çalışması İle İlgili Etik Kurul İzinleri EK-2. Orjinallik Ekran Çıktısı EK-3. Dijital Makbuz 9.ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherKanser Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/restrictedAccesstr_TR
dc.subjectAkut Miyeloid Lösemi (AML).tr_TR
dc.titleCxcl Kemokı̇n ÖncüL Dı̇zelerı̇nden Türevlenen Küçük Peptı̇t MoleküLlerı̇nin İmmün Düzenleyı̇cı̇ Etkı̇sinin Değerlendirmesı̇tr_TR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisen
dc.description.ozetPeptit yapılı küçük moleküller pek çok fizyolojik sürecin düzenlenmesinde ve hücrelerarası iletişimin sağlanmasında rol alır. Bu çalışmada, bilinen 17 adet insan CXCL kemokin öncül dizilerinden türevlenen küçük peptit molekülleri rasyonel ve özgün bir algoritma ile irdelemiş, bu dizilerden türevlenen küçük peptit molekülleri belirlenmiş ve in vitro kullanıma uygun olacak ve sentezlenmesi mümkün peptitler (15 molekül) seçilmiştir. İlgili küçük peptit moleküllerinin periferik kan immün hücrelerinin çeşitli uyaranlar altında aktivasyonunu, çoğalmasını ve sitokin sentezini nasıl etkilediği araştırıldı. İmmün düzenleyici etki gösterme olasılığı olan CXCL kemokin öncül dizilerinden türevlenen küçük peptit molekülleri saptandı. En yüksek etkiye sahip olduğu belirlenen üç molekül (Pep8, Pep14 ve Pep17-2) floresan ile işaretli olarak sentezletildi ve hangi immün hücre tipleri ile daha çok etkileştikleri hakkında bilgiler edinildi. Çalışmamız sonucunda elde edilen pek çok peptit türevinin immün yanıtları farklı açılardan ve farklı hassasiyette etkileyebileceği sonucuna varıldı. Bu küçük peptit moleküllerinin en çok miyeloid hücreler ile etkileşim gösterdiği belirlendi. Bu etkileşim kapasitelerinden dolayı akut miyeloid lösemi (AML) hücrelerini hedeflemede kullanılabilecek adaylar olduğu düşünüldü. AML hücre hatlarının özellikle monositik alt-tipi olan THP-1 hücre hattı ile Pep14 arasında en yüksek etkileşim görüldü. Genel olarak peptitler olgunlaşma düzeyi daha ileride bulunan CD11byüksek hücreler ile daha çok etkileşim gösterdi. İlgili peptitlerin endositoz mekanizmaları da değerlendilmiş olup, reseptör aracılı girişin yanı sıra diğer endositoz mekanizmalarını da kullanabildikleri belirlendi.tr_TR
dc.contributor.departmentTemel Onkolojitr_TR
dc.embargo.terms2 yiltr_TR
dc.embargo.lift2021-04-09T06:26:31Z


Bu öğenin dosyaları:

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster