Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.advisorAerts Kaya, Fatima Susanna Faustina
dc.contributor.authorEsken, Gülen
dc.date.accessioned2018-10-22T11:33:16Z
dc.date.issued2018-04-04
dc.date.submitted2018-10-04
dc.identifier.citationVANCOUVERtr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/5253
dc.description.abstractGriscelli type 2 Syndrome (GS-2) is a rare, autosomal recessive immune deficiency syndrome. The RAB27A gene mutation in GS-2 patients results in the loss of function of T and NK cells. Induced pluripotent stem cells (iPSC) express pluripotency genes, have the capacity for infinite expansion and can differentiate into cells from all three germ layers. They can be induced using integrative and nonintegrative systems by the use of the Oct-4, Sox-2, Klf-4, c-Myc (OSKM) transcription factors. To better understand GS-2 disease and to test novel treatment options, there is a need for an in vitro GS-2 model. For this reason, in this thesis, iPSC clones were made from 3 GS-2 patients and thoroughly characterized. GS-2 iPSCs were stained for SSEA1, SSEA4, TRA-1-60, TRA-1-81 and Oct4 via immunofluorescent staining’s. They also expressed SOX2, NANOG and OCT4, as confirmed by RT-PCR. They were differentiated in vitro into hematopoietic lineage and in vivo in a teratoma assay into cells from all three germ layers. In addition, all GS-2 iPSCs displayed a normal karyotype (46, XX or 46, XY) and were shown to express the RAB27A gene mutation that was present in the original somatic donor cells. In conclusion, using lentiviral transfer of OSKM, we were able to create bona fide iPSCs from 3 GS-2 patients and characterized the cells. These cells can be used in future studies for the development of novel treatment options and to study the pathophysiology of GS-2 disease.en
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER VE KISALTMALAR xiii ŞEKİLLER xvi TABLOLAR xviii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 5 2.1. Kemik iliği mezenkimal kök hücreler (Kİ-MKH) 5 2.1.1. Kİ-MKH’lerin karakterizasyonu 5 2.1.2. Kİ-MKH’lerin hematopoez desteği ve immünmodulatuvar rolü 6 2.2. Embriyonik kök hücreler (EKH) 10 2.2.1. EKH’lerin karakterizasyonu 10 2.2.2. EKH’lerin kullanımında etik sorunlar 11 2.3. Uyarılmış pluripotent kök hücreler (uPKH) 12 2.3.1. uPKH’lerin karakterizasyonu 12 2.3.2. EKH/uPKH arasındaki farklar 14 2.4. uPKH eldesinde farklı gen aktarım sistemleri 15 2.4.1. İntegratif aktarım sistemleri 16 2.4.2. Non-integratif aktarım sistemleri 17 2.5. Griscelli Tip 2 Sendromu (GS-2) 19 2.6. GS-2 uPKH geliştirilmesi 21 2.7. İn vitro hematopoetik farklılaşma sistemleri 22 2.8. Rag2-/- immün yetmezliği fare modeli 24 2.9. Tez çalışmasının hipotezi ve amaçları 24 x 3. GEREÇ VE YÖNTEM 26 3.1. Materyaller 26 3.1.1. İnsan kaynaklı materyaller 26 3.1.2. Hücre hatları 27 3.2. Kök hücre izolasyonu 28 3.2.1. Kemik iliği mononükleer hücre (MNH) izolasyonu 28 3.2.2. Kordon kanı CD34+ hücre seleksiyonu 29 3.3. MKH kültürü 30 3.3.1. MKH kültürü 30 3.3.2. MKH sayımı, dondurma ve çözme yöntemi 30 3.4. MKH karakterizasyonu 31 3.4.1. MKH farklılaşmaları 31 3.4.2. MKH immünofenotiplendirilmesi 32 3.5. XL-1 Blue kompetan bakteriler 33 3.5.1. XL-1 Blue bakterilerden kompetan stok hazırlanması 33 3.5.2. XL-1 Blue kompetan bakteri kültürü 34 3.6. Plazmit çoğaltılması ve izolasyonu 34 3.6.1. Plazmitlerin özellikleri ve haritaları 34 3.6.2. XL-1 Blue kompetan bakteri transformasyonu 41 3.6.3. Plazmit izolasyonu ve kantifikasyonu 41 3.7. Lentiviral vektör üretimi 42 3.7.1. Geçici HEK293T hücre transfeksiyonu 42 3.7.2 Lentiviral vektörlerin konsantre edilmesi ve saklanması 43 3.8. Sağlıklı ve Griscelli tip 2 hücrelerin yeniden programlaması 43 3.8.1. mRNA yöntemiyle yeniden programlama 43 3.8.2. Lentiviral yöntemleri ile yeniden programlama 44 3.8.3. SeV ile yeniden programlama 47 3.8.4. Uyarılmış pluripotent Kök Hücre (uPKH) kolonilerin seçilmesi 48 3.9. uPKH devam kültürü 49 3.9.1. uPKH dondurma ve çözme yöntemleri 49 3.9.2. uPKH ekimi ve çoğaltılması 50 3.10. uPKH karakterizasyonu 50 xi 3.10.1. uPKH immünfenotiplendirilmesi 50 3.10.2. uPKH immünfloresan boyamaları ve görüntülemesi 51 3.10.3. Pluripotent gen ifadeleri RT-PCR 52 3.10.4. uPKH karyotip analizi 54 3.10.5. uPKH teratom deneyleri 55 3.10.6. uPKH RAB27A mutasyon analizi 56 3.11. uPKH’lerin Op9 hücreler ile ko-kültürü ve hematopoetik farklılaşması CD34+ hücrelere farklılaşma ve FACS 57 3.12. RAG2-/- farelere HKH nakli ve engrafmanı 58 3.13. Mikoplazma testi 58 3.14. İstatistik analizler 58 3.15. Kullanılan sarf malzemeler ve cihazlar 59 3.16. Kimyasallar, besi yeri, tamponlar ve solüsyonlar 62 4. BULGULAR 66 4.1. Sağlıklı ve GS-2 MKH izolasyonu ve karakterizasyonu 66 4.1.1. Sağlıklı ve GS-2 MKH morfolojileri benzerdir 66 4.1.2. Sağlıklı ve GS-2 MKH farklılaşma kapasiteleri benzerdir 67 4.1.3. Sağlıklı ve GS-2 MKH immünofenotipleri benzerdir 68 4.2. Sağlıklı ve GS-2 MKH yeniden programlaması 69 4.2.1. mRNA yöntemi ile yeniden programlama 69 4.2.2. SeV yöntemi ile yeniden programlama 72 4.2.3. Lentiviral vektör yöntemi ile yeniden programlama 74 4.3. Sağlıklı ve GS-2 uPKH karakterizasyonu 77 4.3.1. Sağlıklı ve GS-2 uPKH: akım sitometre 77 4.3.2 Sağlıklı ve GS-2 uPKH: floresan mikroskop 80 4.3.3. Sağlıklı ve GS-2 uPKH: RT-PCR 82 4.3.4. Sağlıklı ve GS-2 uPKH: karyotiplendirme 84 4.3.5. Sağlıklı ve GS-2 uPKH: teratomlar 85 4.3.6. Sağlıklı ve GS-2 uPKH: RAB27A mutasyon analizi 87 4.4. Sağlıklı ve GS-2 uPKH in vitro hematopoetik farklılaşması 87 4.5. Rag2-/- farelere nakil ve engrafman takibi 93 5. TARTIŞMA 95 xii 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 108 6.1. Sonuçlar 108 6.2. Öneriler 109 7. KAYNAKLAR 110 8. EKLER EK-1. Tez çalışması ile ilgili Etik Kurul izinleri Etik kurul izni EK-2. Hayvan etik kurul izinleri EK-3. Tez çalışması ile ilgili bildiriler EK-4. Tez çalışması Orijinallik raporu EK-5. Dijital Makbuz 9. ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.subjecttip 2 griscelli sendromutr_TR
dc.subjectKemik iliği
dc.subjectMezenkimal kök hücre
dc.subjectHematopoetik kök hücre
dc.subjectUyarılmış pluripotent kök hücre
dc.subjectt, b ve doğal öldürücü hücreler
dc.titleGriscelli Sendromu Uyarılmış Pluripotent Kök Hücre Geliştirilmesi, Karakterizasyonu ve İn Vitro Hematopoetik Farklılaşmasıtr_TR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesistr_TR
dc.description.ozetGriscelli Tip 2 Sendromu (GS-2) nadir, otosomal resesif, kalıtsal immün yetmezliği sendromudur. GS-2 hastalarında RAB27A gen mutasyonu; T ve Doğal Öldürücü hücrelerin fonksiyonlarının bozulmasına neden olmaktadır. Uyarılmış Pluripotent Kök Hücreler (uPKH); somatik veya kök hücrelerin Oct-4, Sox-2, Klf-4, c-Myc (OSKM) transkripsiyon faktörleri ile yeniden programlaması sonucunda geliştirilmektedir. uPKH’ler, pluripotent genleri ifade eden, sonsuz çoğalabilme ve üç germ yaprağına farklılaşma potansiyeline sahip hücrelerdir. GS-2 patofizyolojisinin daha iyi anlaşılması ve yeni tedavi yöntemlerini test edilmesi için in vitro bir GS-2 modeline ihtiyacı vardır. Bu amaçla, bu tez kapsamında, 3 GS-2 hastasından uPKH klonları oluşturulmuştur ve detaylı karakterizasyonları yapılmıştır. GS-2 uPKH’lerin geliştirmesi için mRNA, Sendai ve lentiviral gen aktarım yöntemleri kullanılmıştır. Lentiviral gen aktarım yöntemi ile geliştirilen uPKH’lerin; immünofloresan boyamalar ile SSEA1, SSEA4, TRA-1-60, TRA-1-81 ve OCT4 protein ifadeleri; SOX2, NANOG ve OCT4 gen ifadeleri, in vitro hematopoetik farklılaşma ve in vivo teratom deneylerinde üç germ yapraklarına ait hücrelere farklılaşma kapasitesi gösterilmiştir. Ayrıca, tüm GS-2 uPKH’lerin karyotipleri normal (46, XX veya 46, XY) ve ilerleyen pasajlarda başlangıç donör hücrelerin bilinen RAB27A gen mutasyonunu taşıdıkları gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, 3 GS-2 hastadan uPKH geliştirilmiştir ve gelecekti yeni ilaçların testinde, hastalığın patofizyolojisi veya rejeneratif tıp araştırmalarında kullanılabilecektir.tr_TR
dc.contributor.departmentKök Hücretr_TR
dc.embargo.terms6 aytr_TR
dc.embargo.lift2019-04-26T11:33:17Z


Bu öğenin dosyaları:

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster