| dc.contributor.advisor | TAŞKIRAN, Ekim Z. | |
| dc.contributor.author | DALKIRAN, Dilara | |
| dc.date.accessioned | 2018-08-15T13:14:44Z | |
| dc.date.available | 2018-08-15T13:14:44Z | |
| dc.date.issued | 2018 | |
| dc.date.submitted | 2018-07-20 | |
| dc.identifier.citation | Vancouver | tr_TR |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/4772 | |
| dc.description.abstract | Mesenchymal Stem Cells (MSC) have therapeutic importance because of their multipotency and immune modulation potentials. Erythropoietin is responsible for erytropoesis. However, EPO treatment of cells including mesenchymal stem cells, showed therapeutic effects. The aim of this thesis is to examine the effect of erythropoietin on bone marrow mesenchymal stem cells transcriptome and exosome derived miRNA profile. Firstly, effect of three different doses of EPO (1 IU/ml, 10 IU/ml ve 100 IU/ml) for 48 hours on MSC transcriptome profile was analyzed. The results illustrated that EPO treatment resulted in slight difference than control not exposed to EPO. The statistical analysis revealed that 10 IU/ml is the most different from the other groups. Therefore, small RNA libraries targeting miRNA was analyzed with 10 IU/ml EPO treated/not treated conditions with next generation sequencing. As a result, 44 miRNA showed different reading numbers. The expression of 22 was opened due to EPO treatment while the expression of 5 was closed because of same reason. Even though, 14 of miRNA illustrated decreasing reading number, only 2 of miRNA’s had increasing reading number. It will be important to perform studies in in vitro models mimicking different physiological conditions and diseases for MSC and exosome biology. | en |
| dc.description.tableofcontents | İÇİNDEKİLER
ONAY SAYFASI iii
YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv
ETİK BEYAN v
TEŞEKKÜR vi
ÖZET vii
ABSTRACT viii
İÇİNDEKİLER ix
SİMGELER VE KISALTMALAR xi
ŞEKİLLER xiv
TABLOLAR xv
1. GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 2
2.1. Mezenkimal Kök Hücreler 2
2.2. Mezenkimal Kök Hücre Kaynaklı Ekzozomlar 3
2.3. Eritropoetin 5
2.4. Eritropoetin Reseptörü 7
2.5. Mezenkimal Kök Hücrelerin Eritropoetin ile Muamele Edilmesine Dair Örnek Çalışmalar 10
3. GEREÇ VE YÖNTEM 13
3.1. Gereçler 13
3.1.1. Mezenkimal Kök Hücreler 13
3.1.2. Mezenkimal Kök Hücre Kültürü 13
3.1.3. RNA Eldesi 13
3.1.4. Ekzozom ve Ekzozomdan RNA Eldesi 14
3.1.5. Kantitatif Transkriptom Analizi 14
3.1.6. Yüksek Ölçekli miRNA dizileme 14
3.2. Yöntemler 15
3.2.1. Mezenkimal Kök Hücre Kültürü 15
3.2.2. Mezenkimal Kök Hücrelerin Eritropoetin (EPO) ile Muamele Edilmesi 15
3.2.3. RNA Eldesi 16
x
3.2.4. Ekzozom Eldesi 17
3.2.5. Ekzozomdan miRNA Eldesi 17
3.2.6. Kantitatif Transkriptom Analizi 18
3.2.7. Yüksek Ölçekli miRNA dizileme 19
3.2.8. miRNA Dizileme İçin Biyoinformatik Analiz 21
4. BULGULAR 23
4.1. Eritropoetin Uygulaması Sonrası Mezenkimal Kök Hücre Morfolojisi 23
4.2. Eritropoetin Uygulamasının Transkriptom Profiline Etkisi 23
4.3. Eritropoetin Uygulamasının Ekzozom Kaynaklı miRNA Profiline Etkisi 27
5. TARTIŞMA 30
6. SONUÇ VE ÖNERİLER 35
6.1. Sonuçlar 35
6.2. Öneriler 35
7. KAYNAKLAR 36
8. EKLER
Ek 1. Orjinallik Ekran Çıktısı
9. ÖZGEÇMİŞ | tr_TR |
| dc.language.iso | tur | tr_TR |
| dc.publisher | Sağlık Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
| dc.subject | Mezenkimal kök hücre | tr_TR |
| dc.subject | eritropoetin | |
| dc.subject | transkriptomik | |
| dc.subject | miRNA | |
| dc.title | Eritropoetin Uygulamasının Mezenkimal Kök Hücre Gen ifade Profiline Etkisi | tr_TR |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | en |
| dc.description.ozet | Mezenkimal kök hücreler (MKH) multipotent karaktere sahip olmaları ve immün modülasyon etkileri nedeniyle terapötik açıdan öneme sahiptirler. Eritropoetin normalde eritrosit hücrelerinin oluşması sürecinden sorumlu bir sitokindir. MKH de dahil olmak üzere, farklı hücrelere uygulandığında terapötik etki göstermektedir. Bu tez çalışmasında, eritropoetinin kemik iliği kaynaklı MKH transkriptom ve ekzozom kaynaklı miRNA profilleri üzerine etkileri yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Tez çalışmasının ilk bölümünde 3 farklı konsantrasyonda (1 IU/ml, 10 IU/ml ve 100 IU/ml) 48 saatlik EPO uygulamasının MKH transkriptom profili üzerindeki etkisi incelenmiştir. Yapılan deneyler sonucunda, farklı konsantrasyonlardaki EPO uygulamasının, kontrol grubuna (EPO uygulanmayan) göre oldukça düşük düzeyde farklılıklar meydana geldiği tespit edilmiştir. Diğer konsantrasyonlara göre istatistiksel olarak en farklı olanı 10 IU/ml olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle, yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak miRNA’ları hedefleyen “küçük RNA” kütüphaneleri 10 IU/ml EPO uygulaması yapılan/yapılmayan koşullarda incelenmiştir. Yapılan analizlerde, 44 farklı miRNA’da okuma sayısında değişim saptanmıştır. Yirmi iki tane miRNA’nın EPO uygulamasına bağlı olarak ekzozomların içerisinde bulunduğu, kontrollerde bulunmadığı gösterilmiştir, 5 miRNA’nın ise kontrol grubu hücrelerde bulunmasına rağmen EPO uygulaması sonucu ekzozomların içerisinde yer almadığı dikkati çekmiştir. Bununla beraber, 14 miRNA’nın okuma sayısında EPO nedeniyle azalma gözlemlenirken, 2 miRNA ise artmıştır. Farklı fizyolojik koşulları ve hastalık modellerini taklit eden in vitro sistemlerde yapılacak araştırmalar MKH ve ekzozom biyolojisi adına son derece önemli olacaktır. | tr_TR |
| dc.contributor.department | Kök Hücre | tr_TR |
