| dc.contributor.advisor | Çelebier, Mustafa | |
| dc.contributor.author | Kaplan, Ozan | |
| dc.date.accessioned | 2017-08-15T12:21:40Z | |
| dc.date.available | 2017-08-15T12:21:40Z | |
| dc.date.issued | 2017 | |
| dc.date.submitted | 2017-08-02 | |
| dc.identifier.citation | Kaplan, O. Assit Ayırıcı Tanısında Assit Metabolom Tayini İçin Sıvı Kromatografisi Kütle Spektrometrisi Yöntemi Geliştirilmesi, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Analitik Kimya Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2017. | tr_TR |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11655/3922 | |
| dc.description.abstract | Pathological fluid collected in the peritoneal cavity is called ascitic fluid. The concept of the differential diagnosis of ascites is process of diagnosing the disease that causes ascites formation. In this thesis, metabolomic studies were performed by liquid chromatography / mass spectrometry (LC/MS Q-TOF) between non malignant ascitic samples (group C) and malignant ascitic samples (group T). Study text consist of three main experimental parts: analytical method development, metabolite profiling and targeted metabolomics. In the method development step, two different sample preparation methods, ultrafiltration and methanol precipitation, two different chromatography columns, HILIC and C18 columns, two different MS modes, positive and negative MS modes, were tried and compared. Ultrafiltration technique, HILIC column and positive mode MS methods were determined as the method giving the maximum number of peaks and study was continued with this method. Metabolite profiling studies were carried out with the developed method and between two groups 141 peaks were found as minimum two times differentiating. Six of these peaks were identified in targeted metabolomic studies and chemical structures were characterized. | en |
| dc.description.tableofcontents | ÖZET vii
ABSTRACT viii
SİMGELER ve KISALTMALAR xiii
ŞEKİLLER xiv
TABLOLAR xviii
1. GİRİŞ 1
2. GENEL BİLGİLER 5
2.1. Metabolit, Metabolom ve Metabolomik Kavramları 5
2.2. Metabolomik Çalışmaların Tarihsel Gelişimi 6
2.3. Metabolomik Çalışmalar ve Uygulamaları 8
2.4. Metabolomik Çalışmalarda Kullanılan Analitik Yöntemler 10
2.5. Kromatografi 11
2.5.1. Sıvı Kromatografisinin Tarihsel Gelişimi 12
2.5.2. Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatografisi (HPLC) Sistemleri 13
2.5.3. Metabolomik Çalışmalarda Kullanılan HPLC Kolonları 14
2.5.4. Kromatografi Parametreleri 15
2.6. Kütle Spektroskopisi 16
2.6.1. Kütle Spektrometre Cihazlarının Genel Yapısı 16
2.6.2. Elektrosprey İyonlaştırıcı (ESI) 18
2.6.3. Uçuş Zamanlı Kütle Spektrometrisi (TOF) 19
2.7. Metabolomik Çalışmalar için Numune Hazırlama Yöntemleri 20
2.7.1. Ultrafiltrasyon Yöntemi 21
2.7.2. Metanolle Çöktürme Yöntemi 22
2.8. Metabolomik Çalışmalarda Yazılım ve Veri Bankası Desteği 22
2.8.1. XCMS 23
2.9. Metabolomik Çalışmalarda Deney Tasarımında Uygulanan Yaklaşımlar 25
2.9.1. Karışım Numuneleri Kullanımı 26
2.9.2. Kalite Kontrol Yaklaşımı 26
2.9.3. İç Standart Kullanımı 27
2.9.4. Dilüsyon Serisi Yöntemi 27
2.9.5. XCMS Parametrelerinin Optimizasyonu 28
2.9.6. Pik Şiddetlerinin Normalizasyonu 30
2.10. Assit Sıvısı ve Assit Ayırıcı Tanı 31
3. GEREÇ ve YÖNTEM 32
3.1. Tez Kapsamında Gerçekleştirilen Çalışmalar 32
3.1.1. Tez Çalışması Kapsamında Kullanılan Kimyasal ve Cihazlar 34
3.1.2. Assit Sıvısı Numunelerinin Toplanması ve Saklanması 35
3.1.3. Hasta ve Kontrol Grupları Oluşturulması 35
3.1.4. LC/MS Q-TOF Analizlerinde Uygulanan Metodoloji 36
3.2. Yöntem Geliştirme Çalışmaları 38
3.2.1. Karışım Numuneleri Hazırlanması 39
3.2.2. Metabolitlerin Ekstraksiyonu İçin Kullanılan Yöntemler 39
3.2.3. Metabolitlerin Ayrımı İçin Kullanılan Kolon Denemeleri 40
3.2.4. Pozitif ve Negatif Mod Denemeleri 41
3.3. Metabolit Profilleme Çalışmaları 42
3.3.1. Karışım Numuneleri ve İç Standart Eklenmesi 42
3.3.2. Kalite Kontrol Numuneleri 42
3.3.3. Dilüsyon Serisi Hazırlama 43
3.4. Veri Değerlendirme Çalışmaları 43
3.4.1. Ham Data Dosyalarının XCMS’e Uygun Olarak Dönüştürülmesi 43
3.4.2. XCMS Programının Kurulumu 44
3.4.3. XCMS Parametrelerinin Optimizasyonu 44
3.4.4. XCMS Analizleri 44
3.4.5. Veri Değerlendirilmesinde Kullanılan Yaklaşımlar 45
3.6. Sistem Uygunluk Testi 46
3.7. Validasyon Çalışmaları 46
3.7.1. Özgünlük 46
3.7.2. Doğruluk 46
3.7.3. Kesinlik 46
3.7.4. Doğrusallık 47
3.8. Hedeflenmiş Metabolomik Çalışmaları 47
4. BULGULAR 48
4.1. Yöntem Geliştirme Basamağına Ait Bulgulara Genel Bakış 48
4.1.1. Numune Hazırlama Basmağına Ait Bulgular 57
4.1.2. Farklı Kolon Denemelerine Ait Bulgular 57
4.1.3. Pozitif ve Negatif MS Modlarına Ait Bulgular 57
4.2. Metabolit Profilleme Basamağına Ait Bulgular 58
4.2.1. XCMS Optimizasyonuna Ait Bulgular 58
4.2.2. Regresyon Analizine Ait Bulgular 59
4.2.3. Kalite Kontrol Numunelerine Ait Bulgular 60
4.2.4. İç Standart Sonuçlarına Ait Bulgular 60
4.2.5. Metabolit Profillemede Veri Değerlendirme Sonuçlarına Ait Bulgular 61
4.3. Hedeflenmiş Metabolomik Çalışmaları 78
4.4. Sistem Uygunluk Çalışması 89
4.5. Validasyon Çalışmaları 89
4.5.1. Özgünlük 89
4.5.2. Doğruluk 90
4.5.3. Kesinlik 91
4.5.4. Doğrusallık 92
5. TARTIŞMA VE SONUÇ 97
5.1. Yöntem Geliştirme Çalışmaları 97
5.2. Metabolit Profilleme Çalışmaları 99
5.3. Hedeflenmiş Metabolomik Çalışmaları 102
5.3.1. Metabolomik Yolak İncelemeleri 102
5.3.2. Kreatinin 102
5.3.3. DL-Fenilalanin 104
5.3.4. Betain 105
5.3.5. L-Histidin 1055
5.3.6. L-Arginin 107
5.3.7. Oksindol 108
5.4. Validasyon Çalışmaları 109
5.4.1. Özgünlük 109
5.4.2. Doğruluk 109
5.4.3. Kesinlik 110
5.4.4. Doğrusallık 110
6. SONUÇ ve ÖNERİLER 111
7. KAYNAKLAR 113
8. EKLER 125
Ek 1. Etik Kurul Onay Sayfası
Ek 2. XCMS kurulumu için kullanılan kod.
Ek 3. IPO yazılımı için kullanılan kod.
Ek 4. IPO optimizasyon kodu.
Ek 5. Kullanılan XCMS kodu.
ÖZGEÇMİŞ | tr_TR |
| dc.language.iso | tur | tr_TR |
| dc.publisher | Sağlık Bilimleri Enstitüsü | tr_TR |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | tr_TR |
| dc.subject | Metabolomik | tr_TR |
| dc.subject | assit | tr_TR |
| dc.subject | sıvı kromatografisi | tr_TR |
| dc.subject | kütle spektrometrisi | tr_TR |
| dc.title | Assit Ayırıcı Tanısında Assit Metabolom Tayini için Sıvı Kromatografisi Kütle Spektrometrisi Yöntemi Geliştirilmesi | tr_TR |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/masterThesis | en |
| dc.description.ozet | Peritoneal boşluk içinde toplanan patolojik sıvıya assit sıvısı denilmektedir. Assit ayırıcı tanı kavramı, bu sıvıdan yola çıkarak assit oluşumuna sebep olan hastalığa tanı koyma işlemidir. Bu tez çalışması kapsamında malign nedene bağlı olmadan assit oluşumu gösteren assit numuneleri (C grubu) ile, malign nedene bağlı olarak assit oluşumu gösteren assit numuneleri arasında (T grubu) sıvı kromatografisi kütle spektrometrisi (LC/MS Q-TOF) yöntemi ile metabolomik çalışmalar yapılarak metabolom düzeyinde assit ayırıcı tanı için kullanılabilecek biyobelirteçler bulunmaya çalışılmıştır. Çalışmalar, analitik yöntem geliştirme, metabolit profilleme ve hedeflenmiş metabolomik olmak üzere üç ana deneysel kısımdan oluşmaktadır. Yöntem geliştirme basamağında ultrafiltrasyon ve metanolle çöktürme olmak üzere iki farklı numune hazırlama yöntemi, HILIC ve C18 kolonlar ile ayırım olmak üzere iki farklı ayırım metodu, pozitif ve negatif MS modları olmak üzere iki farklı MS modu denenmiştir. Ultrafiltrasyon tekniği, HILIC kolon ve pozitif mod MS yöntemleri en fazla pik sayısını veren yöntem olarak belirlenmiş ve çalışma bu yöntemle devam ettirilmiştir. Geliştirilen yöntemle metabolit profilleme çalışmaları yapılmış ve iki grup arasında 141 adet miktarı en az iki kat farklılaşan pik bulunmuştur. Bu piklerden 6 tanesi hedeflenmiş metabolomik çalışmalarında tanımlanmış ve kimyasal yapıları belirlenmiştir. | tr_TR |
| dc.contributor.department | Analitik Kimya | tr_TR |
