Show simple item record

dc.contributor.advisorAltınöz , Sacide
dc.contributor.authorKoçak , Engin
dc.date.accessioned2017-02-22T11:35:56Z
dc.date.available2017-02-22T11:35:56Z
dc.date.issued2017-01
dc.date.submitted2017-01-20
dc.identifier.citationKoçak, E. CaCo2 Kolon Kanseri Hücrelerinde Ultra Performasnlı Sıvı Kromatografisi- Kütle Spektroskopisi Bazlı Proteomik Çalışmalar, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Analitik Kimya Programı Doktora Tezi, Ankara, 2017tr_TR
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11655/3203
dc.description.abstractCancer is the one of the most difficult disease to detect and treat. By omic technologies it has been analyzed at molecular level about cancer. Among the omic technologies Proteomic, has been studied intensively worldwide, is a interdisciplinary area. Especially proteomics studies, which investigate about cancer at protein level, provide more information to support genomics results and clinic studies for cancer progression, detection and treatment. Liquid chromatography based proteomics researches have been making by using nano liquid chromatography. Although it gives more sensitivity, it has some drawbacks and is very difficult to control. In this thesis there are two man objectives. Firstly it has been tried to develop new ultra pressure liquid chromatography method to correct the drawbacks of nano liquid chromatography and to get reliable results. Bovine serum albumin was used as a standard protein to develop new analytical method and insight of the bovine serum albumin results CaCo2 colon cancer cell line was investigated. In second part of thesis effect of plat based hemostatic agent on colon cancer was investigated with new developed analytical method. Ultra pressure liquid chromatography was followed quadruple time of flight mass spectrometry. Mass spectroscopy results were evaluated with Maxquant. It was evaluated cancer targets and cancer pathways that are affected by hemostatic agent in colon cancer cells.tr_TR
dc.description.tableofcontentsİÇİNDEKİLER Sayfa ONAY SAYFASI iii YAYIMLAMA VE FİKRİ MÜLKİYET HAKLARI BEYANI iv ETİK BEYAN v TEŞEKKÜR vi ÖZET vii ABSTRACT viii İÇİNDEKİLER ix SİMGELER VE KISALTMA DİZİNİ xii ŞEKİLLER xiii TABLOLAR xvi 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 5 2.1. Protein 5 2.2. Proteinlerin Hücre İçerisinde Biyosentezi 7 2.3. Proteom ve Proteomik 7 2.4. Proteomik Yaklaşımları 9 2.5.Yukarıdan Aşağı (Top Down) Yaklaşım 9 2.6. Aşağıdan Yukarı (Bottom Up) Yaklaşım 10 2.6.1. Bottom Up (Aşağıdan Yukarı) Yöntemi ile Yapılan Proteomik Çalışmalar 13 2.7. Sıvı Kromatografisi/Kütle Spektroskopisi (LC/MS) Bazlı Aşağıdan Yukarı Proteomik Çalışmalar 14 2.7.1. Örnek Hazırlama 14 2.7.2. Proteomik Analiz Yöntemleri 18 2.7.4. Peptitlerin MS Analizi 29 2.7.5. LC/MS Verilerinin Biyoinformatik Sistemlerle Analizi 29 2.7.6. Proteinlerin Nitel Analizleri 30 2.7.7. Proteinlerin Yarı-Nicel Analizi 37 2.7.8. Verilerin İstatistiksel Olarak Anlamlandırılması 40 2.7.9. Verilerin Hücre Biyolojisi İçerisinde Değerlendirilmesi 41 2.8. Proteomik Çalışmaların Kanser Üzerindeki Uygulamaları 41 2.9. Bitkisel Temelli Hemostatik Ajanlar ve Kanser Üzerinde Etkileri 43 2.10. Proteomik Analizlerde Validasyon Çalışmaları 43 3. GEREÇ VE YÖNTEM 46 3.1. Kimyasallar ve Gereçler 46 3.2. Sığır Serum Albümin Analizi 49 3.2.1. Sığır Serum Albümininin Peptitlerine Parçalanması 49 3.2.2. Sığır Serum Albümine ait Peptitlerin UPLC/QTOF ile Analizi 49 3.2.3. UPLC/QTOF Verilerinin Maxquant Programında Analiz Edilmesi 52 3.2.4. Sistem Optimizasyonu ve Validasyon Çalışmaları 53 3.3. CaCo2 Kolon Kanseri Hücrelerinin Proteomik Açıdan İncelenmesi 55 3.3.1. CaCo2 Kolon Kanseri Hücre Kültürü Çalışmaları 55 3.3.2. Numune Hazırlama 55 3.3.3. Protein Miktar Analizi 55 3.3.4. Proteinlerin Metanol, Kloroform, Su Karışımı ile Çöktürülmesi 56 3.3.5. Protein Karışımının Parçalanması 56 3.3.6. Peptitlerin UPLC/MS ile Analizi 57 3.3.7. Verilerin Maxquant Programında Değerlendirilmesi 58 3.3.8. Maxquant Sonuçlarının Perseus İstatistik Programında Değerlendirilmesi 59 3.4. Bitkisel Temelli Hemostatik Ajanın CaCo2 Kolon Kanseri Hücreleri Üzerindeki Etkisinin Proteomik Açıdan İncelenmesi 60 3.4.2. Proteinlerin UPLC/MS Yöntemi ile Analizi 60 3.4.3. UPLC/MS Verilerinin Maxquant Programı ile Değerlendirilmesi 60 3.4.3. Maxquant Programı ile Elde Edilen Sonuçların Perseus Programı ile Değerlendirilmesi 60 3.4.5. Verilerin Hücre Biyolojisi İçerisinde Değerlendirimesi 61 4. BULGULAR 62 4.1. Sığır Serum Albüminin Nitel Analizleri 62 4.1.1. Gradient Süresinin Optimizasyonu 62 4.1.2. Proteinlerin Nitel Analizinde Enjeksiyon Miktarının Optimizasyonu 63 4.2. Maxquant ile Örnek Peptit Nitel Analizi 66 4.3. Sığır Serum Albumin Analizlerinde Validasyon Çalışmaları 69 4.4. CaCo2 Kolon Kanseri Hücrelerinin Proteomik Açıdan Nitel Analizi 78 4.4.1. CaCo2 Hücrelerinin LC/MS ve Maxquant Programı ile Analizleri 79 4.4.2. Proteinlerin Gen Ontoloji Analizleri 85 4.5. Bitkisel Temelli Hemostatik Ajanın CaCo2 Kolon Kanser Hücre Hattı Üzerinde Etkisinin Proteomik Yaklaşım ile İncelenmesi 87 4.5.1. LC/MS, Maxquant, Perseus ve String Analizleri 87 5. TARTIŞMA 107 5.1. Sığır Serum Albüminin Maxquant Programı ile Nitel Analizi 115 5.2. CaCo2 Hücre Hattı Proteinlerinin Nitel Analizi 122 5.3. Bitkisel Temelli Hemostatik Ajanın Antikanserojen Etkisinin Proteomik Açıdan İncelenmesi 125 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 128 7. KAYNAKLAR 131 EKLER Ek 1. 80 μg CaCo2 kolon kanseri hücresi ile yapılan analizlerde elde edilen proteinleri ÖZGEÇMİŞtr_TR
dc.language.isoturtr_TR
dc.publisherSağlık Bilimleri Enstitüsütr_TR
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesstr_TR
dc.subjectKansertr_TR
dc.subjectProteomik
dc.subjectUltra basınçlı sıvı kromatografisi
dc.subjectKütle spektroskopisi
dc.subjectHemostatik ajan
dc.titleCaco2 Kolon Kanseri Hücrelerinde Ultra Performanslı Sıvı Kromatografisi-kütle Spektroskopisi Bazlı Proteomik Çalışmalartr_TR
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesistr_TR
dc.description.ozetKanser günümüz dünyasında teşhis ve tedavisi en zor hastalıkların başında gelmektedir. Yeni geliştirilen omik teknolojilerinden proteomik çalışmalar özellikle kanser üzerine yapılan genomik çalışmaları tamamlamakta ve kanseri protein seviyesinde inceleyerek kanser oluşum mekanizmalarının aydınlatılmasında, hastalığın teşhis ve tedavisinde klinik çalışmalara destek vermektedir. Bugün dünyada sıvı kromatografisi bazlı proteomik çalışmalar nano sıvı kromatografisi ile yapılmaktadır. Nano sıvı kromatografisi yüksek duyarlılık sağlamasına karşın kontrol edilmesi oldukça güç sistemlerdir. Bu tez çalışması temel olarak iki kısımdan oluşmaktadır; birinci kısımda nano sıvı kromatografisinin gösterdiği dezavantajları ortadan kaldırarak daha güvenilir sonuçlar verebilen standart protein sığır serum albumin kullanılarak ultrabasınçlı sıvı kromatografik yöntem geliştirilmesi ve valide edilmesi planlanmıştır. Geliştirilen ve valide edilen bu yöntem kullanılarak CaCo2 kolon kanseri hücrelerinde bulunan protein ve peptitlerin nitel ve yarı nicel analizleri yapılmıştır. Tez çalışmasının ikinci kısmında bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerindeki çoğalmayı durdurucu etkileri geliştirilen ultra basınçlı sıvı kromatografisi ile birlikte kuadrupol uçuş zamanlı kütle spektroskopisi yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlar Maxquant programı ile değerlendirilmiştir.Yapılan analizler sonucunda tez çalışmasının amaçları içinde yer alan bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerinde hangi yolakları etkilediği ve hangi önemli kanser hedefleri üzerinde hücre proliferasyonu etki gösterdiği, bu etkiye karşı hücrenin hangi savunma yolaklarını kullandığı ve bu ajana karşı nasıl direnç geliştirdiği proteomik açıdan incelenmiştir. Çalışmalarda bitkisel temelli hemostatik ajan kullanılması ile bir çok proteinin azalarak ve çoğalarak etkilendiği ve miktarının değiştiği saptanmıştır.tr_TR
dc.contributor.departmentAnalitik Kimyatr_TR
dc.contributor.authorIDTR184933tr_TR


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record